catRAPID:是一种用于估计蛋白质-RNA之间结合倾向的算法。通过结合二级结构,氢键和范德华力,该网站可以非常准确地预测蛋白质-RNA的结合。 链接:http://s.tartaglialab.com/page/catrapid_group打开链接,界面如下图所示: 主要针对catRAPID omics v2.0这一模块进行介绍。 操作方法 01以一个已知蛋白质预测RNA为例 第一...
蛋白质和 RNA 分子的结合是一个动态过程，而现有的生物化学方法每次只能捕捉特定细胞系、以及细胞条件之下蛋白质与 RNA 的互作行为，这导致可能还有很多具备结合 RNA 能力的蛋白质无法“浮出水面”。此外，在已知的 RNA 结合蛋白之中，约有一半属于非典型 RNA 结合蛋白。对于将这些蛋白质用于结合 RNA 分子的结构域...
根据这一特点并结合ORF, Blast等数据就可以对未知基因的成熟mRNA序列进行预测。 下面推荐几个比较专业的RNA剪切预测网站: Augustus (功能相当强大,预测比较准确,并没有物种特异性,强烈推荐) https://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/submission.php 2. SplicePort (功能也很全面,推荐) https://spliceport.cbcb.umd...
对于线性RNA,RBPsuite使用iDeepS来预测它们与RBP的结合分数;对于环状RNA(circRNA),RBPsuite使用CRIP预测它们与RBP的结合分数。 话不多说,上链接:http://www.csbio.sjtu.edu.cn/bioinf/RBPsuite/,根据官网地址打开主页面如下。 RBPsuite需要三种类型的输入:RNA类型,预测模型和RNA...
其中最重要的就是catRAPID omics模块了,该模块可以计算模型生物的分子(蛋白质/转录物)和参考集(转录物/核苷酸结合蛋白质)之间的相互作用。 换句话说,就是这个模块可以用已知RNA来预测相互作用的蛋白,也可以用已知的蛋白来预测相互作用的RNA。 catRAPID omics模块...
分析基因组数据时,经常需要预测基因的RNA选择性剪切方式,即内含子和外显子的位置和数量。预测是基于RNA剪接的保守性序列“GU-AG”规则,即内含子5’端序列一般是GU,而3’端一般是AG,当然它们附近的序列也是有一定规律的,但不是很保守。根据这一特点并结合ORF, Blast等数据就可以对未知基因的成熟mRNA序列进行预测。
今天分享的是2020年1月份发表在AGING(IF:5.515)上的一篇文章,标题是Identification of a nomogram based on long non-coding RNA to improve prognosis prediction of esophageal squamous cell carcinoma(基于长非编码RNA的列线图来提高食管鳞状细胞癌的预后预测)。 文章总体概览 文章使用食管鳞癌的表达谱数据,首先把数...
RNA-蛋白结合预测数据库 “老板给了我一个RNA,让我找直接作用机制,我该这么办?” “先用catRAPID数据库看一下与它结合的蛋白吧!” “这个数据库怎么用啊?” “看这里呀!” catRAPID数据库(http://service.tartaglialab.com/page/catrapid_group)的开发者来...
catRAPID,一个专门用来计算蛋白和RNA结合特性的工具,网站链接:http://service.tartaglialab.com/page/catrapid_group。该工具通过整合secondary structure, hydrogen bonding , van der Waals contributions来预测蛋白和RNA的结合可能性。该网站主要有“catRAPID fragments”、“catRAPID strength”、“catRAPID omics”、“catR...