从结果来看输入的蛋白和RNA是有结合的,再点击RNA-Binding Domains可以得到RNA可能结合在蛋白的哪一段序列,示例如下: 再点击RNA-Binding Motifs可以得到在RNA序列上发现的RNA结合序列的信息,示例如下: 依据matched_sequence的结果可以进行后续的RIP-seq以及RIP-qPCR等验证。爱基百客可以提供这两个技术服务,有相关需求的老...
利用 DMS 试剂标记并进行分析的方法包括 : DMS-seq,Structure-seq,DMS-MaPseq 和 Dance MaP 等.DMS 的缺点是它只能提供腺嘌呤和胞嘧啶上的 碱基配对数据,缺少可靠的鸟嘌呤和尿嘧啶碱基配 对探针,预测获得的 RNA 结构不全面且可靠性较 2023,39(2) 周晞雯等 :植物体内 RNA 二级结构探测方法的研究进展 57 ...
DNA结合区(DNA-binding domain,DBD):转录因子识别结合顺式作用元件的一段氨基酸序列,能够与靶位点专一性结合。 转录调控区(transcription regulation domain,TRD):可分为转录激活域(activation domain,AD)和转录抑制域(repression domain,RD),决定着转录因子对靶基因的调控特征(转录激活/转录抑制)。 寡聚化位点区(olig...
它一方面通过自身富含 精氨酸的 RNA 结合域(RNA binding domain)结合 这些病毒 mRNA,另一方面由自身单体多聚化形成 收稿 …wenku.baidu.com|基于2个网页 2. 结合区域 ... 端 (胺基酸 45~181) 具有一个 RNA 结合区域 (RNA binding domain),此种结合可以帮助病毒基因免於遭受宿主细胞的酵素 7 所破 …www....
解释了一下为什么要进行预测,大概就是peak caller在post-process识别的效果非常好,但是如果物质的丰度不高,就没办法识别。而且识别也是非常costing的,所以在未表达的转录物上的一些位点就必须要去预测。 Method development for RBP binding-site prediction is an active area of research in the domain of computation...
1.1 Drosha 及其辅助蛋白质 Drosha 负责pr imiRNA核内加工,属于RNase III 家族第II 亚家族中的一种酶,其特征是C- 端有2 个RIII 结构域和1个dsRNA 结合结构域(double strands RNA binding domain,dsRBD),N- 端带有一长肽段[4]。人Drosha含有1 374 个氨基酸残基,N- 端有2 个可能参与蛋白质- 蛋白质相互...
除了药物设计领域,高精度RNA预测也可以赋能合成生物学领域。例如,如何构建高精度的密码子优化算法,非常依赖于高精度的RNA结构预测,尤其是从RNA binding site到蛋白质前面一些氨基酸对应的mRNA的结构,会影响到到蛋白质的高效可溶表达。另外,RNA分子也可能成为非常有潜力的生物传感器,对小分子的检测可能做到非常高的灵敏度...
UPF2 C端的UBD(UPF1 binding domain)与UPF1结合[31]。UPF2可调节UPF1的活性,UPF1富含半胱氨酸和组氨酸(CH)结构域和SQ结构域均可抑制UPF1的解旋酶活性,当UPF2与UPF1的CH结构域结合时,UPF1构象发生改变,这也是UPF1被SMG1磷酸化的前提[32-33],同时也促进了UPF1...
Therefore, this repeated motif may represent a novel type of general RNA-binding domain appended to eukaryotic aminoacyl-tRNA synthetases to serve as a cis-acting tRNA-binding cofactor. 展开 关键词: NMR spectroscopy protein–RNA interactions RNA-binding domain tRNA synthetase ...
bindingtonuclearthyroidhormonereceptors,which regulatetargetgeneexpressionbyinteractingwith DNAresponseelementsandcoregulatoryproteins.We showthatthyroidhormonereceptorsalsoaresingle- strandedRNAbindingproteinsandthatthisbindingis functionallysignificant.Byusingaseriesofdeletion mutants,anovelRNA-bindingdomainwaslocalizedtoa...