RNA binding protein, 简称RBP,称之为RNA结合蛋白,是一类调控RNA代谢过程的蛋白质,主要作用是介导RNA的成熟,转运,定位和翻译等过程;miRNA是一类长度在21bp左右的小RNA,可以结合到靶标RNA上,抑制其翻译或者使其降解,发挥一个转录后调控作用,这两种物质都具有非常重要的RNA调控作用。 随着高通量测序和生物信息的发展,...
ENCORI这个数据库还可以零代码做生存曲线,这个我们前面也通过视频讲解过 ☞零代码生存曲线—ENCORI篇 ENCORI这个数据的功能还远不至于我们已经介绍过的内容,今天我们就来聊聊利用ENCORI预测RBP与靶基因的结合。 RNA 结合蛋白(RBP,RNA binding protein)能与RNA分子相互作用,影响RNA分子稳定性,剪接,细胞核输出以及靶标...
然后用这些RBP构建预后模型,并通过GEO数据库对模型进行验证。最后通过HPA免疫组化数据,对RBP的差异情况进行验证。 RNA结合蛋白(RBP,RNA Binding Protein)是一类伴随RNA的调控代谢过程,与RNA结合的蛋白质的总称。RBP伴随RNA生命始终,其主要作用是介导RNA的成熟、转运、定位和翻译。一个RBP可能存在多种靶标RNA,且其表达...
RNA结合蛋白(RNA binding protein,RBP)是细胞中一类重要的蛋白质,RBP通过识别特殊的RNA结合域与RNA互作,广泛参与到RNA的剪切、转运、序列编辑、胞内定位及翻译控制等多个转录后调控过程中。 许多研究发现,一些RBP的功能异常会导致包括前列腺癌、胃癌及其他癌症的发生和转移、中风后神经发生和功能恢复、肌萎缩侧索硬化(...
RNA binding protein, 简称RBP,称之为RNA结合蛋白,是一类调控RNA代谢过程的蛋白质,主要作用是介导RNA的成熟,转运,定位和翻译等过程;miRNA是一类长度在21bp左右的小RNA,可以结合到靶标RNA上,抑制其翻译或者使其降解,发挥一个转录后调控作用,这两种物质都具有非常重要的RNA调控作用。
细胞中,RNA合成、加工、转运、翻译、降解以及功能发挥都需要有蛋白质的直接参与,这类与RNA直接结合的蛋白质就称为RNA结合蛋白(RNA binding protein,RBP)。RBP通过其RNA结合域(RNA-binding domain,RBD)直接与RNA结合,以核糖核酸蛋白复合物(Ribonucleoprotein,RNP)的形式,参与细胞生命活动调节。今天分享的是一个收集整理...
首先我们需要知道什么是RBP,就是RNA Binding Protein,RBP-Target则是确定RNA结合蛋白相关联的靶基因,搜索界面如下,比如这里我们设置的RBP为AIFM1。 同样我们需要对其进行设置,更改为 Refine results with high stringency ofCLIP Data: 3以及 Explore the interaction of miRNA-mRNA withPan-Canceranalysis: 5,这里就不...
今天给大家分享的是如何使用catRAPID数据库来进行RNA-蛋白的相互作用预测。数据库网址:http://s.tartaglialab.com/page/catrapid_group,文章出处:catRAPID omics v2.0: going deeper and wider in the prediction of protein-RNA interactions (Nucleic Acids Res ,IF=14.9) ...
RNA结合蛋白(RNA binding protein,RBP)是细胞中一类重要的蛋白质,RBP通过识别特殊的RNA结合域与RNA互作,广泛参与到RNA的剪切、转运、序列编辑、胞内定位及翻译控制等多个转录后调控过程中。 许多研究发现,一些RBP的功能异常会导致包括前列腺癌、胃癌及其他癌症的发生和转移、中风后神经发生和功能恢复、肌萎缩侧索硬化(...
数据库基于ENCODE收集的HepG2和K562细胞系中150个RNA结合蛋白(RNA Binding Protein,RBP)的848,077个RBP结合位点,通过BEDtools将RBP结合位点映射到lncRNA上,并保留了那些完全唯一落在lncRNA转录本上的RBP结合位点。共计获得了2022个lncRNA的772,745个lncRNA-蛋白质相...