该模块有6个子模块,包括RBP-mRNA、RBP-caRNA、RBP-lncRNA、RBP-pseudogene、RBP-sncRNA以及RBP-circRNA。RBP-Target和miRNA target类似,通过GEO数据库下载RNA结合蛋白RBP CLIP-seq测序结果,分析得到结合位点信息。 这里小编以“人A1CF”为例说明RBP-mRNA模块的用法。首先在页面左侧选项栏中设置条件。 条件全部设置好后...
Degradome-RNA:该模块专门用于分析RNA的降解模式,主要是针对miRNA介导的降解片段进行测序,从而筛选和鉴定miRNA调控的靶基因。 RNA-RNA:该模块主要预测候选ncRNA及其靶标之间的RNA-RNA相互作用。 ceRNA-Network:本模块提供3个子模块,即mRNA-ceRNA、lncRNA-ceRNA和 pseudogene-ceRNA,用于可视化和分析竞争性内源RNA(ceRNA)...
RNA－互作、定位、疾病数据库 *RAID2.0中有这两个数据库的部分数据整合在其中，可以关注。RAIDv2.0RNA-RNA、RNA-Protein互作 http://www.rna-society.org/raid/ RAIDv2.0数据构成和打分系统 RAIDv2.0共包含mRNA、miRNA、lncRNA、circRNA、tRNA等10余种类型，超过527万条数据。可通过主页上的“Statistics”...
RNA互作网络对于复杂疾病研究有着重大意义。尽管已有数据库收录了RNA互作信息,但伴随测序技术逐渐完善并日趋成熟,RNA互作数据大量涌现。近期,成都中医药大学中医药创新研究院陈伟教授团队和南方医科大学王栋教授团队在生物信息学领域顶级期刊Nucleic Acids Research (中科院JCR一区)上发表了题为“RNAInter v4.0: RNA interac...
① STRINGdb数据库导入 首先选择载入的STRINGdb数据(数据库版本、物种、蛋白互作得分)和之前基因差异分析得到的DEG。 STRINGdb$new设置使用最新的11.5版本数据库,物种选择为小鼠(人9606,小鼠10090 ),蛋白互作得分阈值选择700(默认400, 低150,高700,极高900,越高可信度越强)。
上期主要介绍了Degradome-RNA和RNA-RNA模块的使用方法,本期将介绍RBP相关模块的使用方法。RBP为RNA结合蛋白,通过识别特定的结合位点与RNA互作,参与RNA剪切、转运、序列编辑、翻译等多个过程,因此研究RBP的分子作用机制十分重要。 RBP-Target 该模块为目前常见细胞类型提供了完整的RBP-ncRNA相互作用的可视化信息。该模块有...
Starbase是一个专注于RNA互作组的数据库,提供了miRNA靶标、RNA-RNA相互作用、ceRNA调控网络和RNA与蛋白结合信息等多种数据类型。 进入官网(http://starbase.sysu.edu.cn/),主页如下所示,最上方菜单栏中包含以下模块。 MiRNA-Target:该模块主要是预测与miRNA结合的靶基因,以及两者的结合位点。
上期主要介绍了Degradome-RNA和RNA-RNA模块的使用方法,本期将介绍RBP相关模块的使用方法。RBP为RNA结合蛋白,通过识别特定的结合位点与RNA互作,参与RNA剪切、转运、序列编辑、翻译等多个过程,因此研究RBP的分子作用机制十分重要。 RBP-Target 该模块为目前常见细胞类型提供了完整的RBP-ncRNA相互作用的可视化信息。该模块有...
Starbase是一个专注于RNA互作组的数据库,提供了miRNA靶标、RNA-RNA相互作用、ceRNA调控网络和RNA与蛋白结合信息等多种数据类型。 进入官网(http://starbase.sysu.edu.cn/),主页如下所示,最上方菜单栏中包含以下模块。 MiRNA-Target:该模块主要是预测与miRNA结合的靶基因,以及两者的结合位点。
上期主要介绍了Degradome-RNA和RNA-RNA模块的使用方法,本期将介绍RBP相关模块的使用方法。RBP为RNA结合蛋白,通过识别特定的结合位点与RNA互作,参与RNA剪切、转运、序列编辑、翻译等多个过程,因此研究RBP的分子作用机制十分重要。 RBP-Target 该模块为目前常见细胞类型提供了完整的RBP-ncRNA相互作用的可视化信息。该模块有...