首先,HydRA 可以发现新的 RNA 结合蛋白,并结合生物实验来探索新型 RNA 结合蛋白的下游靶标 RNA 分子、以及结合位点,填补人们对于 RNA 结合蛋白多样性和功能的认知空白,扩充人们对 RNA 调控网络的认知; 其次,HydRA 可以揭示蛋白质与 RNA 分子互作的关键特征,特别是非典型 RNA 结合蛋白的结合机理,从而深化人们对 RNA...
6)交互倾向:是一个蛋白质(或区域)和一个RNA(或区域)之间相互作用概率的度量,是基于观察到的核糖核蛋白复合物的组成部分表现出其物理化学特征的趋势。 7)蛋白结构域:是通过分析带有DNA和RNA相关术语注释的Pfam匹配的蛋白质序列来进行鉴定的,并利用IUPred算法对蛋白质序列进行分析,识别无序区域。 8)RNA基序:RNA结...
今天要给大家介绍的预测网站是catRAPID,一个功能非常强大和全面的RNA-蛋白结合预测网站,由西班牙的Center for Genomic Regulation的Tartaglia Lab研发,通过综合二级结构、氢键和范德瓦尔斯的贡献,可以较准确地预测RNA-蛋白结合(能够预测出NPinter 数据库中89% 的ncRNA-protein 相互作用)。 网址: http://service.tartagliala...
今天要给大家介绍的预测网站是catRAPID,一个功能非常强大和全面的RNA-蛋白结合预测网站,由西班牙的Center for Genomic Regulation的Tartaglia Lab研发,通过综合二级结构、氢键和范德瓦尔斯的贡献,可以较准确地预测RNA-蛋白结合(能够预测出NPinter 数据库中89% 的ncRNA-protein 相互作用)。 网址: http://service.tartagliala...
总结来说,HydRA 不仅可以拓展人们对于 RNA 结合蛋白的认知范围,也能为相关疾病的治疗提供新启发和新可能。 (来源:Molecular Cell) 日前,相关论文以《HydRA:从蛋白质相互作用关联上下文和蛋白质序列预测 RNA 结合能力的深度学习模型》(HydRA: Deep-learning models for predicting RNA-binding capacity from protein inte...
针对核酸大分子,特别是 RNA 的基于结构的药物设计(SBDD)是一个获得动力的研究方向,已经产生了几种 FDA 批准的化合物。与蛋白质类似,SBDD 中 RNA 的关键组成部分之一是正确识别推定候选药物的结合位点。 RNA 具有共同的结构组织,再加上这些分子的动态特性,使得识别小分子的结合位点变得具有挑战性。此外,需要基于结构...
在本文中,作者提出了一种深度学习模型RLBind,通过结合全局RNA序列通道和局部相邻核苷酸通道,从序列依赖性和结构依赖性特性预测RNA-小分子结合位点。这项研究首次开发了用于RNA-小分子结合位点预测的卷积神经网络。实验结果表明,RLBind在预测结合位点方面优于其他最先进的方法,表明RNA中全长序列的全局信息和有限的局部相邻...
rna结合蛋白关系预测模型构建方法,包括有以下步骤: 9.s1、将原始的环状rna序列数据集中的环状rna序列与对应的蛋白质序列对应结合构造为环状rna ‑ rna结合蛋白序列对,重构形成目标数据集; 10.s2、采用自监督学习的方式训练参考资料库中环状rna序列片段和蛋白质序列片段的分布式表征,得到对应的词向量字典; ...
本发明公开了一种环状RNARNA结合蛋白关系预测模型构建方法,解决了现有技术仅限制了预测准确率的问题,其技术方案要点是将初始的环状RNA序列数据集样本构造为环状RNARNA结合蛋白序列对的形式;采用自监督学习的方式训练得到词向量字典;根据训练得到的词向量字典,将样本序列对映射成对应的词向量矩阵作为表征;将样本序列对的...
RNA-蛋白结合预测数据库 “老板给了我一个RNA,让我找直接作用机制,我该这么办?” “先用catRAPID数据库看一下与它结合的蛋白吧!” “这个数据库怎么用啊?” “看这里呀!” catRAPID数据库(http://service.tartaglialab.com/page/catrapid_group)的开发者来...