今天要给大家介绍的预测网站是catRAPID,一个功能非常强大和全面的RNA-蛋白结合预测网站,由西班牙的Center for Genomic Regulation的Tartaglia Lab研发,通过综合二级结构、氢键和范德瓦尔斯的贡献,可以较准确地预测RNA-蛋白结合(能够预测出NPinter数据库中89% 的ncRNA-protein 相互作用)。 网址: http://service.tartaglialab...
Z值:基于相互作用倾向的平均值和相对于RNA长度的西格玛的动态Z评分归化。 交互矩阵:以热图的形式显示预测相互作用的蛋白质(y轴)和RNA (x轴)区域。热图的红色阴影表示单个氨基酸和核苷酸对的相互作用评分。 RBP倾向:蛋白质结合RNA倾向的量度。 RNA结合区域:在蛋白质序列中发现的RNA结合结构域发生次数。
今天要给大家介绍的预测网站是catRAPID,一个功能非常强大和全面的RNA-蛋白结合预测网站,由西班牙的Center for Genomic Regulation的Tartaglia Lab研发,通过综合二级结构、氢键和范德瓦尔斯的贡献,可以较准确地预测RNA-蛋白结合(能够预测出NPinter 数据库中89% 的ncRNA-protein 相互作用)。 网址: http://service.tartagliala...
预测RNA-小分子结合位点仍然是一个巨大的挑战。需要新的计算模型来更好地提取特征并更准确地预测RNA-小分子结合位点。 方法 在这项研究中,作者通过整合源自全长和局部相邻RNA序列和结构特性的全局和局部特征,构建了一个基于深度卷积神经网络的模型,以预测RNA-配体结合位点(图1)。作者使用全长RNA和局部相邻RNA基序来...
其二,HydRA 可以快速预测某个 RNA 结合蛋白的功能区域。在目前已知的 RNA 结合蛋白中,对于其中一半以上的蛋白,人们并不知道它们到底通过哪些结构域或位点,来参与和 RNA 分子的互相作用。而通过数据驱动的方法,HydRA 能够学习和总结 RNA 结合蛋白中的常见模式,进而预测未知的结构域和位点。
RNA-蛋白质结合位点预测 RNA结合蛋白(RBP)在各种生物学过程中都起着至关重要的作用,它们在RNA上的结合位点可以深入了解涉及RBPs的疾病背后的机制。因此,如何识别RNA上的RBP结合位点对于后续分析至关重要。今天,小编就给大家介绍一种基于深度学习的RNA-蛋白质结合位点预测的网站:RBPsuite,这是一个易于使用的网络服务...
针对核酸大分子,特别是 RNA 的基于结构的药物设计(SBDD)是一个获得动力的研究方向,已经产生了几种 FDA 批准的化合物。与蛋白质类似,SBDD 中 RNA 的关键组成部分之一是正确识别推定候选药物的结合位点。 RNA 具有共同的结构组织,再加上这些分子的动态特性,使得识别小分子的结合位点变得具有挑战性。此外,需要基于结构...
总结来说,HydRA 不仅可以拓展人们对于 RNA 结合蛋白的认知范围,也能为相关疾病的治疗提供新启发和新可能。 (来源:Molecular Cell) 日前,相关论文以《HydRA:从蛋白质相互作用关联上下文和蛋白质序列预测 RNA 结合能力的深度学习模型》(HydRA: Deep-learning models for predicting RNA-binding capacity from protein inte...
其二,HydRA 可以快速预测某个 RNA 结合蛋白的功能区域。在目前已知的 RNA 结合蛋白中,对于其中一半以上的蛋白,人们并不知道它们到底通过哪些结构域或位点,来参与和 RNA 分子的互相作用。而通过数据驱动的方法,HydRA 能够学习和总结 RNA 结合蛋白中的常见模式,进而预测未知的结构域和位点。
高欣课题组提出一种基于深度学习的RNA-蛋白质结合偏好预测方法-NucleicNet。该方法基于特征向量,将蛋白质表面结构的局部理化特性编码为高维度的输入向量,使用ResNet提取特征,最后利用多层分类器预测出蛋白质表面各点与RNA组分的结合偏好。实验结果显示其能有效预测RNA结合位点和结合偏好,在MCC的指标下优于目前最先进的模型...