一.WGCNA包的安装和加载 WGCNA包的下载安装参考官网。https://horvath.genetics.ucla.edu/html/CoexpressionNetwork/Rpackages/WGCNA/index.html install.packages("BiocManager") BiocManager::install("WGCNA") library(WGCNA) library(flashClust) library(iterators) 二.基因表达数据的加载和预处理 femData <- read....
要在R语言中安装WGCNA(加权基因共表达网络分析)包,你可以按照以下步骤进行操作: 打开R语言的官方CRAN镜像网站: 你可以访问R语言的官方CRAN镜像网站,选择一个可靠的镜像源。通常,默认的CRAN镜像网站即可满足需求。 在搜索框中输入“WGCNA”: 虽然这一步在官方CRAN镜像网站的搜索框中并不直接适用(因为CRAN镜像网站主要...
cor <- WGCNA::cor 因为R本身自带一个计算相关性的函数cor，也就是我们在☞R计算多个向量两两之间...
安装了WGCNA是在Rstuio上安装的。用命令 install.packages("WGCNA") 执行完命令后,提示信息显示有三个依赖包(‘impute’, ‘preprocessCore’, ‘GO.db’)无法安装。 然后再安装那三个依赖包。 BiocManager::install("impute"),安装impute时,也会安装GO.db包。遇到是否更新其他R包时,选择不更新 n. >library("...
首先,我们需要在R中下载和安装WGCNA包。安装包的方法如下所示: install.packages("WGCNA") 1. 安装完成后,我们可以加载WGCNA包: library(WGCNA) 1. 接下来,我们可以使用WGCNA包中的函数来进行基因共表达网络分析。首先,我们需要准备一个基因表达矩阵,其中每一行表示一个基因,每一列表示一个样本。我们可以使用R中...
一 刚开始就遇到了这样的问题,没办法下载WGCNA包 Error: package or namespace load failed for 'WGCNA’ in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]): 不存在叫'GO.db’这个名字的程辑包 然后我尝试下载这个包 包括在BiocManager的网站上和install.packages 以及BiocManager::...
WGCNA:加权基因共表达网络分析,简而言之,就是将基因划分为若干个模块,探究与表型数据与基因模块之间的相关关系,并找到模块中的核心基因。 适用于复杂的数据模式,推荐5组(或者15个样品)以上的数据。一般可应用的研究方向有:不同器官或组织类型发育调控、同一组织不同发育调控、非生物胁迫不同时间点应答、病原菌侵染后...
本文主要参考WGCNA官网的教程1。整个分析流程可以分为以下几个步骤: 数据输入和清理 建设表达网络与模块检测 筛选与表型相关的模块 使用WGCNA进行网络可视化 参考 WGCNA的安装 前置软件包安装如果是R语言3.5及以上版本,安装命令如下: install.packages("BiocManager") ...
使用WGCNA进行网络可视化 参考 WGCNA的安装 前置软件包安装如果是R语言3.5及以上版本,安装命令如下: install.packages("BiocManager") BiocManager::install(c("AnnotationDbi", "impute","GO.db", "preprocessCore")) install.packages(c("matrixStats", "Hmisc","foreach", "doParallel", "fastcluster", "dynamic...
“preprocessCore”)>biocLite(“GO.db”)>biocLite(“AnnotationDbi”)>install.packages("WGCNA”)...