要在R语言中安装WGCNA(加权基因共表达网络分析)包,你可以按照以下步骤进行操作: 打开R语言的官方CRAN镜像网站: 你可以访问R语言的官方CRAN镜像网站,选择一个可靠的镜像源。通常,默认的CRAN镜像网站即可满足需求。 在搜索框中输入“WGCNA”: 虽然这一步在官方CRAN镜像网站的搜索框中并不直接适用(因为CRAN镜像网站主要...
2.1 导入表达数据 #设置工作目录>setwd("D:/RNA-seq/WGCNA/fpkm")#载入WGCNA包>library('WGCNA')#这个设置很重要,不要忽略,允许R语言以最大线程运行>options(stringsAsFactors=FALSE)>allowWGCNAThreads()Allowingmulti-threading with up to4threads.#导入表达数据>fpkm<-read.csv(file="fpkm.csv")#简单查看数据...
1.1 R包安装 #if(!requireNamespace('BiocManager', quietly = TRUE))# install.packages('BiocManager')#BiocManager::install('preprocessCore')#install.packages('WGCNA')library('WGCNA') #引用WGCNA包 关于WGCNA的分析方法,官方存在专门的R包,即WGCNA包;该包储存在CRAN上,直接使用install.packages()命令即可完...
1.1 R包安装 #if(!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))# install.packages("BiocManager")#BiocManager::install("preprocessCore")#install.packages("WGCNA")library("WGCNA") #引用WGCNA包 关于WGCNA的分析方法,官方存在专门的R包,即WGCNA包;该包储存在CRAN上,直接使用install.packages命令即可完成...
安装了WGCNA是在Rstuio上安装的。用命令 install.packages("WGCNA") 执行完命令后,提示信息显示有三个依赖包(‘impute’, ‘preprocessCore’, ‘GO.db’)无法安装。 然后再安装那三个依赖包。 BiocManager::install("impute"),安装impute时,也会安装GO.db包。遇到是否更新其他R包时,选择不更新 n. ...
首先,我们需要在R中下载和安装WGCNA包。安装包的方法如下所示: install.packages("WGCNA") 1. 安装完成后,我们可以加载WGCNA包: library(WGCNA) 1. 接下来,我们可以使用WGCNA包中的函数来进行基因共表达网络分析。首先,我们需要准备一个基因表达矩阵,其中每一行表示一个基因,每一列表示一个样本。我们可以使用R中...
如果我们想再换回R自带的cor函数，只需要运行下面的R代码就可以了 cor<-stats::cor 【R语言】WGCNA...
R graphics engine version 14 is not supported by this version of RStudio. The Plots tab will be disabled until a newer version of RStudio is installed. 没有GO.db,就安装一下 BiocManager::install('GO.db') 安装过程还算顺利,然后再试试加载WGCNA包。
在Python中使用WGCNA包之前,您需要在系统上安装R语言。您可以从[R官方网站]( 步骤3:安装WGCNA包 在安装了R语言之后,您需要在R中安装WGCNA包。打开R终端,输入以下命令来安装WGCNA包: install.packages("WGCNA") 1. 步骤4:在Python中使用WGCNA包 在Python中使用WGCNA包之前,我们需要加载reticulate库并将R语言与Pytho...
这里最主要的还是R语言版本的选择。R3.4.4 R3.6.3两个版本都没成功，碰到一堆问题。R4.1.2安装WGCNA相对简单一点，这里就以它为例吧。之后会弹出一个镜像源选择框，这里选China(Beijing 2)[https]安装完成后，试试能否加载成功 安装过程还算顺利，然后再试试加载WGCNA包。安装过程还算顺利，然后...