WGCNA的第一步是计算基因间的相关性矩阵，这里我们采用皮尔森系数的计算方法，来完成基因间的直接相关性矩...
在安装了R语言之后,您需要在R中安装WGCNA包。打开R终端,输入以下命令来安装WGCNA包: install.packages("WGCNA") 1. 步骤4:在Python中使用WGCNA包 在Python中使用WGCNA包之前,我们需要加载reticulate库并将R语言与Python关联起来。这可以通过以下代码完成: importrpy2.robjectsasrobjectsimportrpy2.robjects.packagesasrpa...
cor <- WGCNA::cor 因为R本身自带一个计算相关性的函数cor，也就是我们在☞R计算多个向量两两之间...
安装了WGCNA是在Rstuio上安装的。用命令 install.packages("WGCNA") 执行完命令后,提示信息显示有三个依赖包(‘impute’, ‘preprocessCore’, ‘GO.db’)无法安装。 然后再安装那三个依赖包。 BiocManager::install("impute"),安装impute时,也会安装GO.db包。遇到是否更新其他R包时,选择不更新 n. >library("...
1.R包下载 BiocManager::install("WGCNA") 2.数据导入和清洗 这是任何网络分析的第一步。在这里展示了如何加载典型的表达数据,将其预处理成适合网络分析的格式,并通过去除明显的离群样本以及缺失条目数量过多的基因和样本来清洗数据。 2.1 导入表达数据
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BiocManager::install(c("GO.db", "preprocessCore", "impute"))
依赖包全部安装完成后,运行如下代码: pip install PyWGCNA#安装python包,此时它的依赖包已经根据requirements.txt安装好了 image-20240316170405118 !!!没想到还少一个包 psutil-5.9.8 为什么没看到依赖包里面提起这个包呢,重新回去github看了下包的说明,它的setup.py里面写的有,setup.py对环境依赖描写的更清楚一点,...
cfg') jdkerror 前些日子装了个jdk7试了试，后来做项目需要换成jdk6，安装完jdk6，设置完环境变量...
然后我们选择WGCNA模块，上传table2的表型信息到phenotype，点击运行即可完成wgcna的一键分析。结果如下所示...