WGCNA的第一步是计算基因间的相关性矩阵，这里我们采用皮尔森系数的计算方法，来完成基因间的直接相关性矩...
然后我们选择WGCNA模块，上传table2的表型信息到phenotype，点击运行即可完成wgcna的一键分析。结果如下所示。
打开R终端,输入以下命令来安装WGCNA包: install.packages("WGCNA") 1. 步骤4:在Python中使用WGCNA包 在Python中使用WGCNA包之前,我们需要加载reticulate库并将R语言与Python关联起来。这可以通过以下代码完成: importrpy2.robjectsasrobjectsimportrpy2.robjects.packagesasrpackagesfromrpy2.robjectsimportr# 安装并加载WGC...
2.1 导入表达数据 #设置工作目录>setwd("D:/RNA-seq/WGCNA/fpkm")#载入WGCNA包>library('WGCNA')#这个设置很重要,不要忽略,允许R语言以最大线程运行>options(stringsAsFactors=FALSE)>allowWGCNAThreads()Allowingmulti-threading with up to4threads.#导入表达数据>fpkm<-read.csv(file="fpkm.csv")#简单查看数据...
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最近由于需要做WGCNA分析,所以就安装了对应的WGCNA的包,但是在安装的过程中一直报错,如下,主要是对应的依赖包Hmisc的安装。 Hmisc安装报错 一开始我一直纠结于2中的warning非0状态的报错,网上搜索了一些解决办法,都不奏效。最后我注意到ERROR上面的“make: gfortran: No such file or directory”的报错,就上网搜索了...
依赖包全部安装完成后,运行如下代码: pip install PyWGCNA#安装python包,此时它的依赖包已经根据requirements.txt安装好了 image-20240316170405118 !!!没想到还少一个包 psutil-5.9.8 为什么没看到依赖包里面提起这个包呢,重新回去github看了下包的说明,它的setup.py里面写的有,setup.py对环境依赖描写的更清楚一点,...
BiocManager::install(c("GO.db", "preprocessCore", "impute"))
运行java -version出现Error: could not open `C:\Program Files\Java\jre7\lib\i586\jvm.cfg')，...
cor <- WGCNA::cor 因为R本身自带一个计算相关性的函数cor，也就是我们在☞R计算多个向量两两之间...