2.1 导入表达数据 #设置工作目录>setwd("D:/RNA-seq/WGCNA/fpkm")#载入WGCNA包>library('WGCNA')#这个设置很重要,不要忽略,允许R语言以最大线程运行>options(stringsAsFactors=FALSE)>allowWGCNAThreads()Allowingmulti-threading with up to4threads.#导入表达数据>fpkm<-read.csv(file="fpkm.csv")#简单查看数据...
WGCNA的R语言安装包问题 当前使用版本R 3.6.3 使用最简单的语句 install.packages("WGCNA")后,再尝试 library("WGCNA")后,会发现错误提示: Warning in install.packages : package ‘XXXX’ is not available (for R version 3.6.3) 经过一轮尝试,发现缺失10个包(按照错误提示顺序列表) GO.db AnnotationDbi D...
cor <- WGCNA::cor 因为R本身自带一个计算相关性的函数cor，也就是我们在☞R计算多个向量两两之间...
install.packages("WGCNA")Link:https://labs.genetics.ucla.edu/horvath/CoexpressionNetwork/Rpackages/...
运行java -version出现Error: could not open `C:\Program Files\Java\jre7\lib\i586\jvm.cfg')，...
安装了WGCNA是在Rstuio上安装的。用命令 install.packages("WGCNA") 执行完命令后,提示信息显示有三个依赖包(‘impute’, ‘preprocessCore’, ‘GO.db’)无法安装。 然后再安装那三个依赖包。 BiocManager::install("impute"),安装impute时,也会安装GO.db包。遇到是否更新其他R包时,选择不更新 n. ...
packages(c("WGCNA", "stringr", "reshape2"), repos=site) 上述代码在安装时报错,说什么3.5版本及以上的R才可以,问题是我装的4.0的R。 查了各种安装方式,安装包的时候时跳向系统用户目录,巧在系统用户是中文,报错理所应当,但是我明明修改了包安装的路径为D盘呢,查阅资料:原因在于未以管理员权限打开R。
“preprocessCore”)>biocLite(“GO.db”)>biocLite(“AnnotationDbi”)>install.packages("WGCNA”)...