# 创建空的网络对象g<-graph.empty(n=length(c(unique(network_data$miRNA),unique(network_data$circRNA),unique(network_data$mRNA))),directed=TRUE)# 添加节点g<-g%>%set_vertex_attr("name",value=c(unique(network_data$circRNA),unique(network_data$miRNA),unique(network_data$mRNA)))%>%set_vert...
ceRNA网络是一种新型的基因调控机制,可以通过共享microRNA(miRNA)来影响彼此的表达,导致疾病或某种表型的改变。在这篇文章中,我将分享如何使用Cytoscape构建ceRNA网络,让大家可以轻松构建自己的网络并进一步探究基因调控的机制。 当我们在前面分析中得到差异circRNA、差异mRNA和差异miRNA的结果,⏩现在我们需要将建ceRNA思路...
我们想要的结果大致如下: (1)寻找miRNA-mRNA调节关系对 (2)寻找miRNA-lncRNA调节关系对 (3)合并miRNA-mRNA、miRNA-lncRNA调节关系对,构建ceRNA网络 R语言运行的调控关系对如下所示: 根据相关分析,找到符合我们统计学要求(p < 0.05同时 correlation值小于-0.4)的关系对 第一步 读取数据集(将mRNA,miRNA和lncRNA表...
示例文件一共两个,“lncRNA_miRNA.txt”记录了lncRNA和miRNA的靶向关系,“miRNA_mRNA.txt”记录了miRNA和mRNA的靶向关系。 文献中的数据,lncRNA-miRNA和miRNA-mRNA靶向关系表 对应靶向关系 首先将示例数据读入到R中,由于lncRNA-miRNA-mRNA的关系是分两张表记录的,需要将它们整合到一起,做个关系对应。 !!!***...
☞一文掌握ceRNA网络构建 完整合并R代码+详细注释+CHOL数据见下文。包含RNAseq和miRNA-seq数据合并代码。
竞争性内源RNA是近几年来备受学术界关注的对象,它代表了一种全新的基因表达调控模式,相比miRNA调控网络,ceRNA调控网络更为精细和复杂,涉及更多的RNA分子,包括mRNA、编码基因的假基因、长链非编码RNA和miRNA等,它为科研工作者提供一个全新的视角进行转录组研究,有助于
蛋白互作分析(PPI)及网络图构建 网络分析及hub蛋白/基因获得。 12:00-13:30 午餐及午休 周日下午 13:30-15:00 TCGA数据库与GEO数据库挖掘 基于TCGA的lncRNA-miRNA-mRNA全转录组整合分析思路演练 基于TCGA的甲基化与转录组整合分析思路演练 基于GEO数据库多套数据整合(meta)分析思路演练 ...
组学数据分析主要有两类,一类是基于被研究对象的位置和序列。一类是基于算法。前者比如说lncRNA与mRNA的antisense和cis的作用关系,miRNA和piRNA的靶向基因预测等。后者就比如说机器学习、降维、聚类等算法。 其中机器学习是通过程序不断迭代来寻找合适的模型。
GDCRNATools: an R/Bioconductor package for integrative analysis of lncRNA, miRNA and mRNA data in GDC Department of Botany and Plant Sciences, University of California, Riverside Bioinformatics GDC: The Genomic Data Commons 基本功能 数据下载 ceRNA网络分析 差异表达分析 功能富集分析 生存分析 数据可视...
5. TCGA miRNA数据的下载和整理 11:19 6. GEO数据的下载和整理 12:59 7. TCGA及GEO数据集的合并及去除批次效应 06:17 8. 差异表达分析 06:29 9. 单因素cox回归分析 04:16 10. GO和KEGG富集分析 03:29 11. Kaplan–Meier 生存分析 03:22 12. 基因集富集分析 (Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)...