两种技术本身存在差异: 转录组测序是基于检测样品里所有基因整体上的表达情况,qPCR是特异性设计引物对基因的局部区域做相对定量的,两者的技术原理是存在一定不同的,所以转录组和qPCR确实有可能存在并没有非常一致的情况的,一般来说主要看大部分基因的趋势一致就行的。 备注(一种比较特别的情况): 为什么敲除基因A的2...
6、两种技术本身存在差异: 转录组测序是基于检测样品里所有基因整体上的表达情况,qPCR是特异性设计引物对基因的局部区域做相对定量的,两者的技术原理是存在一定不同的,所以转录组和qPCR确实有可能存在并没有非常一致的情况的,一般来说主要看大部分基因的趋势一致就行的。 备注(一种比较特别的情况): 为什么敲除基因A...
拿到RNAseq的结果后，首先要做的是对RNAseq的结果进行qPCR验证。如果qPCR 验证的结果与RNAseq的结果不一致，需要从qRT实验和RNAseq数据两方面同时考虑。在qRT实验方面，考虑的因素有：1. 反转录cDNA的时候是用的Ransom primer还是OligodT, 是否和RNAseq反转录的方法一致。2. 引物跨内含子设计。3. RNA引物设计的特...
所以这就是两种方法的区别,qPCR的定量是在基因的局部区域测量的,RNA-seq的定量是在基因的全长区域测量的。因此,qPCR和RNA-seq在基因表达定量上的区别,就会导致它们在估算基因表达水平改变时的产生冲突,但是并不代表着其中一种方法的结果有误。尽管RNA-seq存在偏倚,但就目前的技术来看,假阳性结果其实概率很低了。 ...
对MeRIP-seq和RNA-seq数据进行联合分析，共鉴定出27个差异表达且m6A修饰基因。还鉴定出一种典型的肌肉...
1)首先是数据的准备。很多老师的实验设计比较复杂,可能是多个品系,每个品系多个时间点,再加上RNA-seq和qpcr的数据,要呈现在一张图形上的话看似比较复杂,其实也很简单。关键就在数据准备。以两品系+三时间点为例,如下图所示,数据的关键在于中间的空格。(是不是很简单啊)然后,全选数据,选择折线图,如图所示: ...
该技术可用于目标基因 (GOIs) 的分子克隆，其可研究用抑制剂、兴奋剂、小干扰 RNA (siRNA) 或敲除模型等处理模型系统后基因表达的变化。这项技术也经常用于检测 RNA-Seq 实验之前 (作为质量控制) 和之后 (确认变化) 的表达变化。基本步骤：(1) 准备反应体系：提取 RNA，加入逆转录酶 (常用的逆转录酶有 M-...
硬壳蛤（Mercenaria mercenaria）是一种有着重要商业价值的双壳类动物，其养殖品种具有丰富的壳色变异。本研究根据色素沉着情况将幼体硬壳蛤分为三组，采用RNA-Seq技术进行分析，从中鉴定出参与色素沉着的候选基因和相关代谢通路。/ 研究方法/ 样本：无色素沉着幼体硬壳蛤（NP）、白色幼体硬壳蛤（W）、红色幼体硬壳蛤...
RNA纯化回收步骤：- 加入Trizol裂解液，裂解后按照之前步骤纯化回收RNA。完成RNA提取、片段化和免疫沉淀后，进行RNA反转录。按照实际用量配制反应液，确保准确性，然后按照特定程序进行反转录。定量PCR检测作为实验结果的验证步骤，包括：- 溶解Mix并混匀，配制反应液并离心确保液体分布均匀。- 采用三步法程序...
利用 DESeq2 软件进行差异基因分析,结合 KEGG、Nr、Pfam 等数据库注释鉴定并筛选‘莓红’草莓花瓣发育过程中与花色苷含量相关的花色苷生物合成结构基因。基于 Pearson 系数(r)对差异表达的 R2R3-MYB 与花色苷含量和花色苷生物合成结构基因表达量进行相关...