图2. RNA-seq与qPCR结果的相关性图 接着计算MAQCA 和 MAQCB两者之间差异基因的表达情况,85%的基因在测序和qPCR结果中保持一致,如图3所示。由此可以推算出18080个蛋白编码基因中可能有2712个基因的表达量计算结果不准确。 图3. 差异表达基因的RNA-seq与qPCR结果相关性图。 而对于不同算法,都出现了一些特定基因表...
首先需要把QPCR的相对表达量以及RNA-seq测序的差异结果提取并整理成如下格式。需要注意的是,为了方便作图,QPCR的相对表达量及RNA-seq的差异结果都需要进行对数处理(其中,RNA-seq的测序分析结果中一般是直接有log2FC的数据,可以直接使用)。 作图时,我们使用的是log2FC(RNA-seq)以及log2FC(QPCR)两列数据。为了方便...
首先,我们需要对转录组和qPCR一致性有一个合理预期:这两个实验方法本身存在差异,因此存在一定程度的不一致性(约30-40%)是正常的情况[1]。在Huang J等人的研究中,出现转录组和qPCR结果的不一样(甚至趋势相反的情况),文章也对这种情况进行了探讨[2]。 因此在这里小派总结了几个可能影响转录组和qPCR一致性的原因:...
首先,我们需要对转录组和qPCR一致性有一个合理预期:这两个实验方法本身存在差异,因此存在一定程度的不一致性(约30-40%)是正常的情况[1]。在Huang J等人的研究中,出现转录组和qPCR结果的不一样(甚至趋势相反的情况),文章也对这种情况进行了探讨[2]。 因此在这里小派总结了几个可能影响转录组和qPCR一致性的原因:...
说明在‘莓红’草莓花瓣发育过程中,花色苷合成相关结构基因的上调表达,使得花色苷大量合成积累,导致花瓣逐渐变红,颜色加深。 (3)花色苷合成相关差异基因 qPCR 分析 基于基因表达量(FPKM>10)和其与花色苷含量的相关性(|r|>0.85),筛选了3个R2R3-MYB...
通过RNA-seq,发现目标基因在处理组与对照组之间显著差异表达,与试验预期结论一致。于是很开心地通过qPCR进行进一步的验证,结果却傻眼了,qPCR并未显示出基因表达在两组间存在差异? 或者反过来的情形,已经通过qPCR检测到目标基因在处理组与对照组之间的表达水平存在很大差异,但是却发现RNA-seq的基因表达定量并无明显区别,...
通过RNA-seq,发现目标基因在处理组与对照组之间显著差异表达,与试验预期结论一致。于是很开心地通过qPCR进行进一步的验证,结果却傻眼了,qPCR并未显示出基因表达在两组间存在差异? 或者反过来的情形,已经通过qPCR检测到目标基因在处理组与对照组之间的表达水平存在很大差异,但是却发现RNA-seq的基因表达定量并无明显区别,...
如果qPCR 验证的结果与RNAseq的结果不一致，需要从qRT实验和RNAseq数据两方面同时考虑。在qRT实验方面，考虑的因素有：1. 反转录cDNA的时候是用的Ransom primer还是OligodT, 是否和RNAseq反转录的方法一致。2. 引物跨内含子设计。3. RNA引物设计的特异性。引物质量的好坏可以从融解曲线来判断。当融解曲线只有一个峰...
技术手段：RNA-Seq+qPCR 派森诺生物与中国科学院海洋研究所携手合作，于近期在《Genomics》上发表了无参转录组分析揭示幼体硬壳蛤（Mercenaria mercenaria）色素沉着的初步分子机制相关研究成果。/ 研究背景/ 颜色是个体重要的表型特征，并且与伪装、免疫、体温调节等生物学功能相关。软体动物具有丰富的外壳颜色，但是，人们...