做完qPCR后,我们会得到基因在样品里的相对定量结果(一般使用2-∆∆Ct),而在转录组中也有这些基因log2fc结果,如下: 针对于这两个数据的展示,通常有以下几种图: 1 柱状图: a.基于qPCR的相对定量结果,引用excel的函数(log、average、stdev)求得log2fc和标准差; b.将qPCR和转录组的数据整理(qPCR和RNA-seq的...
做完qPCR后,我们会得到基因在样品里的相对定量结果(一般使用2-∆∆Ct),而在转录组中也有这些基因log2fc结果,如下: 针对于这两个数据的展示,通常有以下几种图: 1、柱状图: a.基于qPCR的相对定量结果,引用excel的函数(log、average、stdev)求得log2fc和标准差; b.将qPCR和转录组的数据整理(qPCR和RNA-seq...
拿到RNAseq的结果后，首先要做的是对RNAseq的结果进行qPCR验证。如果qPCR 验证的结果与RNAseq的结果不一致，需要从qRT实验和RNAseq数据两方面同时考虑。在qRT实验方面，考虑的因素有：1. 反转录cDNA的时候是用的Ransom primer还是OligodT, 是否和RNAseq反转录的方法一致。2. 引物跨内含子设计。3. RNA引物设计的特...
昕瑞再生还提供支持少量细胞和大规模样本的高通量qPCR试剂盒,以及PHDs-seq技术,同时精准检测数十或数百基因,为您提供更多选择! 此外,昕瑞再生还提供多种服务与产品以及个性化研究设计,欢迎咨询! 立即联系我们 手机:18936040318(微信:昕...
其原理同MeRIP-seq测序中MeRIP实验相同,实验基本操作也一致:对RNA进行片段化,然后将片段化后的RNA样品分为二部分:一部分用于免疫共沉淀实验(IP)后作为IP样品,另一部分不进行IP直接作为Input样品。之后再根据实验目的的不同,对两部分RNA片段进行逆转录和qPCR。
直观一些说,如果某个基因在RNA-seq结果显示差异表达,但Qpcr结果表明这个基因表达差异不显著,可以认为这个基因RNA-seq结果为假阳性;反之,这个结果就是真阳性。 而老师往往会关心某些低表达基因的表达差异变化能否被正确检测,那么这就要求我们提高实验的真阳性率。
1)首先是数据的准备。很多老师的实验设计比较复杂,可能是多个品系,每个品系多个时间点,再加上RNA-seq和qpcr的数据,要呈现在一张图形上的话看似比较复杂,其实也很简单。关键就在数据准备。以两品系+三时间点为例,如下图所示,数据的关键在于中间的空格。(是不是很简单啊)然后,全选数据,选择折线图,如图所示: ...
利用 DESeq2 软件进行差异基因分析,结合 KEGG、Nr、Pfam 等数据库注释鉴定并筛选‘莓红’草莓花瓣发育过程中与花色苷含量相关的花色苷生物合成结构基因。基于 Pearson 系数(r)对差异表达的 R2R3-MYB 与花色苷含量和花色苷生物合成结构基因表达量进行相关...
于是很开心地通过qPCR进行进一步的验证,结果却傻眼了,qPCR并未显示出基因表达在两组间存在差异? 或者反过来的情形,已经通过qPCR检测到目标基因在处理组与对照组之间的表达水平存在很大差异,但是却发现RNA-seq的基因表达定量并无明显区别,是RNA-seq不准确吗? 想必很多老师或同学们碰到过类似的困惑,qPCR和RNA-seq的基因...
大数据表明,RNA-seq已成为研究样品中所有基因表达情况的常用技术,不仅用于基础研究,也用于医学研究。然而在使用qPCR验证基因表达时,往往会面临一个问题:二者的结果不一致,甚至趋势完全相反,这是为什么呢? 在排除了样品比对关系设置错误,没有用同一批样品来验证等问题后,发现结果还是相反。小编的内心是: 事实上,而RNA...