[3] Benchmarking of RNA-sequencing analysis workflows using wholetranscriptome RT-qPCR expression data.Scientific Report, 2017. [4] Errors in RNA-Seq quantification affect genes of relevance tohuman disease.Robert and Watson Genome Biology, 2015. [5] Modeling of RNA-seq fragment sequence bias ...
1.RT-(反转录技术) 顾名思义,反转录是以RNA为模板,通过反转录酶,合成DNA的过程,常常是RNA提取或定量完成后进行下游分析的第一步,反转录合成后的DNA称为cDNA,可扩增后进行测序,或是在扩增过程中直接检测目标区域。 2.RT-qPCR 实时荧光定量反转录PCR是一种分子生物学技术,用于扩增和定量RNA,通常用于检测RNA样本...
做完qPCR后,我们会得到基因在样品里的相对定量结果(一般使用2-∆∆Ct),而在转录组中也有这些基因log2fc结果,如下: 针对于这两个数据的展示,通常有以下几种图: 1 柱状图: a.基于qPCR的相对定量结果,引用excel的函数(log、average、stdev)求得log2fc和标准差; b.将qPCR和转录组的数据整理(qPCR和RNA-seq的...
数据质量合格后,对数据进行小RNA序列的长度和丰度统计,结果如图1所示:泌乳高峰期和空杯期的小尾寒羊乳腺组织中的小RNA长度分布是相似的。大多数小RNA的长度分布在18-24 nt的范围内,其中长度为22 nt的MicroRNA(miRNA)最多,分别在泌乳高峰期和空杯期绵羊乳腺组织中占34.28%和27.00%。其次是长度为21 nt(泌乳高峰期...
选定DNA片段的DNA甲基化验证。RNA-Seq结果中的RT-qPCR验证。 研究小结 本研究首次在松材线虫(PWN)全基因组范围内绘制了DNA甲基化水平的分布情况,证实了线虫在四个发育阶段中均存在DNA甲基化。在扩散性JIII阶段与繁殖性阶段之间,甲基化存在显著差异,表明DNA甲基化可能在JIII阶段抗不利环境条件中发挥潜在作用。研究还...
如果qPCR 验证的结果与RNAseq的结果不一致，需要从qRT实验和RNAseq数据两方面同时考虑。在qRT实验方面，考虑的因素有：1. 反转录cDNA的时候是用的Ransom primer还是OligodT, 是否和RNAseq反转录的方法一致。2. 引物跨内含子设计。3. RNA引物设计的特异性。引物质量的好坏可以从融解曲线来判断。当融解曲线只有一个峰...
单细胞RNA测序技术(scRNA-seq)在细菌检测中的应用较为有限,尤其在检测大规模的细菌群体以及描述细菌群体内的异质性时存在一定局限性,探索新的细菌单细胞测序方法对于研究微生物系统至关重要。近日,美国麻省理工学院-哈佛大学的博德研究所的研究者们在《Cell》期刊发表了一项研究,报道了一种高度可扩展的细菌单细胞RNA-...
图7:使用RT-qPCR验证RNA-seq和DNA甲基化。 A. 选定DNA片段的DNA甲基化验证。 B. RNA-Seq结果中的RT-qPCR验证。 研究小结 本研究首次在松材线虫(PWN)全基因组范围内绘制了DNA甲基化水平的分布情况,证实了线虫在四个发育阶段中均存在DNA甲基化。在扩散性JIII阶段与繁殖性阶段之间,甲基化存在显著差异,表明DNA甲...
RT-PCR验证靶基因的mRNA水平 Western blot验证靶基因的蛋白水平 Readers的RIP-qPCR验证Readers蛋白与靶基因mRNA的结合 YTHDF1引入突变后,检测其假定靶基因的表达和与靶基因的结合是否受到影响 关于易RNA m6A甲基化测序(MeRIP-seq)技术 易基因MeRIP-seq技术利用m6A特异性抗体富集发生m6A修饰的RNA片段(包括mRNA、lncRNA等...
通过RNA-seq,发现目标基因在处理组与对照组之间显著差异表达,与试验预期结论一致。于是很开心地通过qPCR进行进一步的验证,结果却傻眼了,qPCR并未显示出基因表达在两组间存在差异? 或者反过来的情形,已经通过qPCR检测到目标基因在处理组与对照组之间的表达水平存在很大差异,但是却发现RNA-seq的基因表达定量并无明显区别,...