本次的目的是，使用pymol对蛋白结构进行align，结果可以通过肉眼观测或者RMSD进行量化。用法 align mobile, target [, cutoff [, cycles [, gap [, extend [, max_gap [, object [, matrix [, mobile_state [, target_state [, quiet [, max_skip [, transform [, reset ]]]解释：mobile =字符串：...
Pymol可以对两个结构使用命令 align 1, 2 进行比对,得出RMSD。和数学公式RMSD不同,其将两个结构进行对齐后计算rmsd,为了验证这一假设,先把某个分子做平移 translate [3,3,3],1 调整两个结构视角 zoom 重新进行rmsd计算 align 1,2 你会发现计算结果和之前一样,说明Pymol计算rmsd时候进行了对齐操作,而非原始...
pymol的align计算RMSD 如果直接使用align,会对两个分子进行对齐,一个不动、另一个改变坐标以对齐重叠。 如果设置cycles=0,transform=0,则不会改变分子的构象、不对齐,计算所有原子的坐标的RMSD。 align的结果会生成7个数值,它们分别是: RMSD after refinement Number of aligned atoms after refinement Number of re...
在使用PyMOL进行分子对齐时,如果两个小分子没有反应,可能是因为以下原因:1. 分子结构不匹配:如果两个小分子的结构差异很大,则无法通过简单的对齐来使它们重叠。这种情况下需要手动调整或使用其他工具进行处理。2. 对齐参数设置错误:在执行对齐操作之前,请确保已正确设置了对齐参数。例如,选择合适的参考点、指定正确的...
pymol软件align出错的原因是你的蛋白文件有问题。蛋白质库中下载的不是标准的蛋白文件，可以使用yasara，LeadIT，DS，maestro，pymol等工具软件重新另存一下该文件为pdb，就可以了。
pymol软件align出错的原因 pymol软件align出错的原因是你的蛋白文件有问题。蛋白质库中下载的不是标准的蛋白文件,可以使用yasara,LeadIT,DS,maestro,pymol等工具软件重新另存一下该文件为pdb,就可以了。
1.3 Overview of Pymol Cmd (200 words) Section 2: Basics of Pymol Cmd 2.1 Installation and Setup (300 words) 2.2 Introduction to Pymol Cmd Syntax (300 words) 2.3 Loading Structures with Pymol Cmd (300 words) Section 3: Understanding the AlignFunction 3.1 Purpose and Utility of Align (200...
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 请教大家pymol在align时总是提示如下错误是什么原因呢?1 1/1 返回列表 查看: 552 | 回复: 0 只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏 在APP中查看 【悬赏金币】回答本帖问题,作者muyunlvyi将赠送您 10 个金币 ...
安装完pymol后可以打开pdb文件，而且常规的操作都可以完成，但是在align两个蛋白时出现报错 Match-Error:...
路径名字有中文，别用中文就行