Align - 常常在结构生物学以及虚拟筛选中使用，当对不同的蛋白结构并对其进行比较时，我们就可以使用align比较蛋白结构，查看两者之间的差异，这个结构上的差异有一个量化的指标就是RMSD。align mobile, target [, cutoff [, cycles [, gap [, extend [, max_gap [, object [, matrix [, mobile_state [, ...
【All atom alignment】 ### align 1.pdb, 2.pdb, object=aln 1ks2, spin = 1.pdb, 2.pdb load 1uj5.pdb select solvent or name CL remove sele align 1ks2, spin, object=aln select spin and chain A set_name sele, spin_A align 1uj5, spin_A, object=aln zoom 1uj5 select resn 5R...
align:首先进行序列对齐,然后进行结构叠加,随后循环几个周期来进行优化,以便拒绝掉在拟合期间发现的异常值。在序列相似度较高的蛋白中align效果会比较好(序列>30%),如果序列相似度比较低的话,super或者cealign会比较好。 super:对齐选择的结构,他执行的是基于结构的动态规划对齐(不依赖于序列),随后进行循环优化来提高...
目前,pymo是一个很流行的三维蛋白结构显示工具。本次的目的是,使用pymol对蛋白结构进行align,结果可以通过肉眼观测或者RMSD进行量化。 用法: >align mobile, target [, cutoff [, cycles [, gap [, extend [, max_gap [, object [, matrix [, mobile_state [, target_state [, quiet [, max_skip [, ...
select L,(chain L and polymer) 删除配体分子5A以外的水分子 remove resn hoh and (resi 307 gap 5) 叠合两个object(super) 参考:https://pymolwiki.org/index.php/Super 自动进行全局叠合 super 会把两个object进行叠合,和align的区别主要是
然后,我们来看cealign,官方给的案例:1c0mB,1bco,rmsd = 4.958 序列相似度 最后,我们看来看下fit 所用的比较部分为1a00的a链和c链,rmsd =0.564,当然这个需要的对比条件比较严格, object的id必须要严格保持一致,比如segi, chain,如果不一致那么需要手动整 ...
align(source), (target) #the source object will be moved and rotated to fit the target object 例如: align (prot1and chain A), (prot2and chain B) 按整条链叠合 alignmol1&resiN1,mol2&resiN2按某一个残基叠合 alignmol1&resiN1-N2& namen+ca+c+o,mol2&resiN3-N4& namen+ca+c+o按某...
可以点击一下A按键,看看两者显示的工具框是否不一样,如下图所示find.align.generaterename bjeCt- duplicate object delete objectI hydrogens stateIasking sequence rnSvementiuefnput 曰PyMOL中管7cel叫Object,而所做的选择叫se 30、lection。两者什么区别呢?Object是实实在在的物体或东西,而 selection是一种虚...
Align Pymol can superpose two structures; type the following at the pymol command line: align mol1, mol2 先打开Ca复合物,然后选B,重命名为cb,再打开EDTA复合物,选择b链,在cb里选align to selection-sele。 如果用A来Align to B,A会跳到B的位置与B叠加。
本例中我们使用两个模板链进行建模:3JW3_Chain_A和2ZZA_Chain_A。首先在PyMod窗口选中3JW3_Chain_A和2ZZA_Chain_A,在主菜单点击“Tools -> Alignment Tools -> Structural alignment -> SALIGN (Structural alignment)”,此时,在PyMOL窗口可以看到两个蛋白结构已经叠合。