2️⃣ 选择特定链上的序列: 如果你想从链A中选择氨基酸序号从10到20的氨基酸,可以这样写: select my_selection, chain A and resi 10-203️⃣ 选择特定类型的氨基酸: 如果你想选择特定类型的氨基酸(例如所有的丙氨酸),可以这样写: select my_selection, resn ALA4️⃣ 可视化选择的氨基酸: 选择之后...
pymol常用命令
首先,确保你已经打开了PyMOL并加载了需要导出氨基酸序列的分子结构文件(例如PDB文件)。 选择需要导出氨基酸序列的蛋白质链: 使用PyMOL的选择命令来选择你感兴趣的蛋白质链。例如,如果你的蛋白质链名为chain A,你可以使用以下命令来选择它: pymol select chain_A, chain A 使用PyMOL的命令或脚本来提取选定链的...
接下来，我们可以使用Pymol的选择命令来选择特定的蛋白质链或氨基酸残基。例如，如果我们希望选择蛋白质中的链A，可以使用以下命令：```python select chain_A, chain A 如果我们希望选择特定的氨基酸残基，可以使用以下命令：```python select res_100, resi 100 其中，"100"为氨基酸残基的编号。选择完特定的链或...
PyMOL 是一个强大的可视化软件,原子选择方式非常灵活。这里列出了PyMOL选择器的语法,供参考。 PyMOL 根据标识符和属性选择原子。许多命令(例如color, show, etc.)后都跟一个原子选择参数,以操作scene中的一部分原子。例如: PyMOL>show spheres, solvent and chain A ...
在Pymol中,可以使用select命令来选择特定的分子片段。例如,select protein, chain A就会选择链A中的所有原子。选择完成后,可以使用一系列的命令来操作选定的分子片段,如移动、旋转、缩放等。 5.创建和编辑分子结构 在Pymol中,可以使用多种命令创建和编辑分子结构。例如,使用create命令可以创建一个新的分子对象,使用al...
cmd.get_chains("PTEN-TFEB") # 获取PTEN-TFEB对象中的链信息,输出是["A","B"]列表 10. cmd.select() (1) 选择蛋白的某一条链 cmd.select("chain A") (2) 选择某个残基 cmd.select("resn F90") # F90是残基名称。 (3) 选择某残基一定距离范围内的所有残基 cmd.select("(br. all within ...
PyMOL>select 007,chain a segi s. Segment-identifier-list 至多4字母 PyMOL>select ligand,segi lig flag f. Flag-number 从0到31的单整数 PyMOL>select f1,flag 0 numeric_type nt. Type-number 单整数 PyMOL>select f1,nt. 5 text_type tt. Type-string 至多4字母 PyMOL>select subset,text_type...
select selection_name, chain A •name:按原子名称选择原子。例如,选择原子名称为CA的原子: select selection_name, name CA 通过选择器选择特定区域后,可以使用color指令来设置颜色。以下是一些示例: •设置选择的氨基酸为绿色: select selection_name, resi 10-20 color green, selection_name •设置选择的原...
PyMOL>select boy,(name cb or name cg1 or name cg2) and chain a #这两个 PyMOL>select girl,name cb+cg1+cg2 and chain a #命令是等效的逻辑运算像算术运算一样是有顺序的,为确保操作正确执行,必要时使用括号: Byres((chain a or (chain b and (not resi 125))) around 5) PyMOL是从最...