4. To select specific atoms by name: select my_main_chain_atoms, 1t46///N+CA+C 5. To select one or more chains: select my_chain, A+B// select my_chains, 1uwh//A+B// 6. To select atoms in multiple objects 7. select my_object, 1uwh///CA or 1t46///CA©2022...
鼠标操作:使用鼠标左键拖动来旋转分子,中键或滚轮来缩放,右键拖动来平移。 选择分子部分:使用select命令选择特定原子,如select protein, chain A。 显示和隐藏:使用show和hide命令来显示或隐藏分子组件,如show cartoon显示卡通样式。 颜色设置:使用color命令为分子组件着色,如color red, protein将蛋白质链设置为红色。
23、ame c+n+o 选择所有 c、n、o 原子并起名为 geng select geng,chain a选择 a 链并起名为 geng突出显示zoom resi 212突出显示212号残基2.3布尔算符和标签命令中学时学过布尔算符and/or/not,在PyMOL的选择命令中布尔算符非常有 用。比如选择7cel中212GLU残基的Ca原子,怎么选?select geng,resi 212和select...
select chain_A, chain A 使用PyMOL的命令或脚本来提取选定链的氨基酸序列: PyMOL本身并没有直接的命令来导出完整的氨基酸序列,但你可以通过一些脚本来实现这一功能。以下是一个简单的Python脚本,它利用了PyMOL的内置函数来提取选定对象的氨基酸序列: python from pymol import cmd def export_sequence(selection...
Opensource molecular visualization system. Fork of http://sourceforge.net/projects/pymol/ We provide pymol windows installer for python2.7, for both pymol 1.5 and pymol 1.6 - pymol/pymol/ChangeLog at master · evonove/pymol
select bonded_residues, byres (neighbor sele and organic) and (not sele) sele 为参与键形成的原子的选择器语言表达式。该命令使用 byres 命令选择那些与 sele 相邻的有机分子,即氨基酸残基,然后使用 not 命令排除已选择的原子,最终选择所有参与键形成的氨基酸残基并将其命名为 bonded residues。如果需要只选择...
remove chainF#选择蛋白中的organic类成分,这个选择命名为substrctes select substrates,organic #选择蛋白中的小分子,F6P,命名为f6p select f6p,resnF6P#zoom到f6p zoom f6p #这句没懂,懂了更新给你们看 util.cbac('f6p')#选择f6p3.5埃以内的残基,命名为act_site ...
select loop, (ss l+’’)Color by atom type from a scriptThe “util” module contains a number of functions that color the atoms according to type, withdifferent colors for the C atoms. For instance,util.cbay threein a .pml script will color object “three” by atom type, with the ...
1? residue-ident ifier-list pdb文件中基团的编号 Pymol select multslO, resi 1+10+100 residue-identifier-range Pymol select nterm, resi 1-10 alt alt alternate-conformation-identifier-1ist 一些单字母的列表,选择具有2种构型的氨基酸 Pymol select altconf, alt a+b chain C? chain-identifier-list...
Q22. 让含氢原子的键的stick和其他键的粗细保持一致? Q23. PyMOL工作路径异常怎么恢复? Q24. 如何在heme中心的Fe在垂直上方加一个O原子,形成Fe=O,键长约1.64埃? Q25. 请问如何ray,使颜色不变? Q26. select+save 和 creat+save的区别 Q27. 保存多个object为一个pdb文件 招聘 友情链接Docs...