AI代码解释 select 5A,byres lig around5 然后敲击回车键 就会看到右侧有一个5A的对象 让我们修改5A的展示方式 也就是需要点击S按钮 s means show 选择surface 然后再次选择合适的颜色 我们要的效果就有了 然后再次输入命令: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 ray1000,1000 就可以得到一张好看...
:通过“Select → Around”选择某一残基周围特定距离(如5Å)内的其他分子,快速定位潜在相互作用区域。 5. 应用场景与扩展性 PyMOL在药物设计(如配体-受体对接分析)、结构生物学(如蛋白质构象变化研究)及教学中均有广泛应用。其脚本接口支持Python扩展,用户可编写自动化脚本批量处理结构对齐、动画...
s2 选择s1中标识符name和resi匹配s2的原子PyMOL>select similar_atms,pept like prot s1 gap x s1 gap x 选择范德华半径与s1的范德华半径以最小距离x埃分离的所有原子PyMOL>select farfrm_ten,resi 10 gap 5 s1 around x s1 a. x 选择中心在以s1任何原子为中心,以x埃为半径的范围内的所有原子PyMOL>...
b.在命令窗口输入‘select awater,((E2O)around 3.3) and (resn HOH)’,显示E2O周围3.3 Å范围内的水分子并创建新对象(awater),取消对象选中,单击S–spheres按球状结构显示水分子,在命令窗口输入‘set sphere_scale,0.3’调整结构大小c.选中多余水分子,对象列表窗口会自动出现(sele)新对象,单击H–every...
打开PyMOL后载入需要分析的蛋白质结构文件。确保结构文件中包含氢原子,某些相互作用如氢键需要氢原子信息。加载完成后在右侧对象列表选中目标结构。 输入命令“select interacting_residues, (resn A and name CA) around 5”创建临时选择对象,这里“resn A”代表链A,“name CA”代表α碳原子,“5”表示5埃范围内...
PyMOL>select boy007,resi 1-10 #选择残基并命名为“boy007” 然后使用这个名称: 语法 zoom selection-name hide representation,selection-name show representation,selection-name 例如 PyMOL>zoom boy007 PyMOL>hide everything,boy007 PyMOL>show spheres,boy007 ...
>>> create pocket, byres 4dxd within 5 of resn 9pc 或者下面的命令 >>> select 5Alig, byres lig around 5 >>> show sticks, 5Alig 选择残基100.102,108-111 select res, resi 100+102+108-111 阴影关掉 set ray_shadow, off ray 渲染,然后保存图片(分辨率为300dpi) 及pse格式 ...
5.将侧链显示为棒状并调整活性中心的水分子 在对象面板点击“ligands -> A -> Duplicate”,然后点击“Sel02 -> A -> Rename Selection”重命名对象为“active_water”; 调整新的选择以包含活性中心水分子,在对象面板点击“active_water -> A -> Modify -> Around -> Atoms Within 4Å”,进一步修改水分子...
[code=Python width=600px]select 5A, byres ligand around 5[/code] PS: 配体5埃范围内的残基 [code=Python width=600px]show sticks, 5A color yellow, 5A[/code] 小技巧2-键角 小技巧3:巧用pymol的渲染(ray) ray将会创建一个现在的框架图像的渲染(ray-traced)图像。我们平常使用pymol的时候可能就是...
select 5A, byres ligand around 5 #选取ligand5A范围内残基 hide sticks, h. #隐藏H原子 zoom lig | res #居中放大lig和res,其他对象虚化 color wheat, lig & name C* #将lig的碳原子(以C开头的原子名)设为小麦色 set label_size, 30 set label_font_id, 9 ...