AI代码解释 select 5A,byres lig around5 然后敲击回车键 就会看到右侧有一个5A的对象 让我们修改5A的展示方式 也就是需要点击S按钮 s means show 选择surface 然后再次选择合适的颜色 我们要的效果就有了 然后再次输入命令: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 ray1000,1000 就可以得到一张好看...
:通过“Select → Around”选择某一残基周围特定距离(如5Å)内的其他分子,快速定位潜在相互作用区域。 5. 应用场景与扩展性 PyMOL在药物设计(如配体-受体对接分析)、结构生物学(如蛋白质构象变化研究)及教学中均有广泛应用。其脚本接口支持Python扩展,用户可编写自动化脚本批量处理结构对齐、动画...
select around_5, sel1 within 5 of obj01 #选中resi 1 周围5埃的sel1中的残基 2024.12.20: set cartoon_transparency, 0.8, my_select and resi 101-277 #设置my_select的局部残基为透明 下载蛋白(fetch) fetch 命令可以根据PDB ID编号下载蛋白结构到工作路径,并载入到PyMOL中显示,在PyMOL中的object的名字...
select 5A, byres ligand around 5 #选取ligand5A范围内残基 hide sticks, h. #隐藏H原子 zoom lig | res #居中放大lig和res,其他对象虚化 color wheat, lig & name C* #将lig的碳原子(以C开头的原子名)设为小麦色 set label_size, 30 set label_font_id, 9 ...
打开PyMOL后载入需要分析的蛋白质结构文件。确保结构文件中包含氢原子,某些相互作用如氢键需要氢原子信息。加载完成后在右侧对象列表选中目标结构。 输入命令“select interacting_residues, (resn A and name CA) around 5”创建临时选择对象,这里“resn A”代表链A,“name CA”代表α碳原子,“5”表示5埃范围内...
>>> create pocket, byres 4dxd within 5 of resn 9pc 或者下面的命令 >>> select 5Alig, byres lig around 5 >>> show sticks, 5Alig 选择残基100.102,108-111 select res, resi 100+102+108-111 阴影关掉 set ray_shadow, off ray 渲染,然后保存图片(分辨率为300dpi) 及pse格式 ...
PyMOL>select boy007,resi 1-10 #选择残基并命名为“boy007” 然后使用这个名称: 语法 zoom selection-name hide representation,selection-name show representation,selection-name 例如 PyMOL>zoom boy007 PyMOL>hide everything,boy007 PyMOL>show spheres,boy007 ...
X选择以s1中任何原子为中心,X为半径,所包括的所有原子Pymol> select near_ten, resi 10 around 5s1 expand Xs1 e. X选择以s1中任何原子为中心,X为半径,然后把s1扩展至该新的范围所包含的所有原子Pymol> select near_ten_x, near10 expand 3s1 within X of s2s1 w. X of s2选择以s 33、2为中心,...
(4)在Pymol处输入命令:select near 46, resi 46 around 5(46为活性位点之一)。 (5)出现新的near 46,调整颜色为red。得到目的序列的溶剂排除表面图。 3.同源序列的溶剂排除表面图: (1)重新用PyMOL软件打开目的序列与同源序列,选择Alignment插件对序列进行比对。分别选择APBS Electrostatics,得到两个序列的溶剂排除...
习惯使用命令行可以实现更适合的操作,如选择可形成氢键3.3Å范围内的水分子,设置球体的范德华半径等,如输入以下命令来实现: select active_water, ((ligands)around 3.3) and (resn HOH) show spheres, active_water alter active_water, vdw=0.5 rebuild 6.展示活性位点中配体与酶的相互作用点击“active -> ...