例如 byres S1 or S2 会被解析为 byres (S1 or S2),而不是 (byres S1) or S2。 select byobject chain A # 扩展选择到链 A 所在的整个对象(例如,包含链 A 的整个分子结构) select bs. chain A # 扩展选择到链 A 所在的段(segment) select bc. resn ALA # 扩展选择到包含残基 ALA 的整个链 ...
b.在命令窗口输入‘select awater,((E2O)around 3.3) and (resn HOH)’,显示E2O周围3.3 Å范围内的水分子并创建新对象(awater),取消对象选中,单击S–spheres按球状结构显示水分子,在命令窗口输入‘set sphere_scale,0.3’调整结构大小c.选中多余水分子,对象列表窗口会自动出现(sele)新对象,单击H–every...
例如,选择所有赖氨酸(LYS)可以使用命令:select lysines, resn LYS。 根据位置选择氨基酸: 如果你想选择某个特定区域或范围内的氨基酸,可以使用around或expand命令。 例如,选择某个配体周围10埃范围内的所有氨基酸残基:select near_ligand, byres resn LIGAND around 10(这里LIGAND应替换为你的配体残基名称)。 注意...
select 5A,byres lig around5 然后敲击回车键 就会看到右侧有一个5A的对象 让我们修改5A的展示方式 也就是需要点击S按钮 s means show 选择surface 然后再次选择合适的颜色 我们要的效果就有了 然后再次输入命令: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 ray1000,1000 就可以得到一张好看的蛋白质受...
[code=Python width=600px]select 5A, byres ligand around 5[/code] PS: 配体5埃范围内的残基 [code=Python width=600px]show sticks, 5A color yellow, 5A[/code] 小技巧2-键角 小技巧3:巧用pymol的渲染(ray) ray将会创建一个现在的框架图像的渲染(ray-traced)图像。我们平常使用pymol的时候可能就是...
1、选择水分子显示。2.8到3.2的长度正好是水分子的长度 select ligand_water,((ligand)around 3.2) and (resn HOH) 选择5i之内所有的分子 select active, byres all within 5 of sele 2、调整球形大小(不是命令,是位置) setting-edit all-sphere_scale 填入你认为合适的值 ...
select (object) around (distance) 选择距某物体xÅ之内的物体 select active, byres all within (distance) of (object)选择距某物体xÅ之内的物体 (不太清楚两者区别,自己用的后一种) 将选中的活性口袋内的氨基酸提取,Action下拉菜单,generate,vacuum electrostatics,protein contact potential...
select active_water, ((ligands)around 3.3) and (resn HOH)show spheres, active_wateralter active_water, vdw=0.5rebuild 6.展示活性位点中配体与酶的相互作用 点击“active -> A -> Zoom”居中放大显示活性位点，然后点击“ligands -> A -> Find -> Polar Contacts -> To Any Atoms”显示配体与酶...
PyMOL>select boy007,resi 1-10 #选择残基并命名为“boy007” 然后使用这个名称: 语法 zoom selection-name hide representation,selection-name show representation,selection-name 例如 PyMOL>zoom boy007 PyMOL>hide everything,boy007 PyMOL>show spheres,boy007 ...
Byres((chain a or (chain b and (not resi 125))) around 5) PyMOL是从最内的括号向外逻辑选择的。宏指令 宏指令使表达长复杂语句的原子选择成为可能,如: PyMOL>select boy,pept and segi lig and chain b and resi 142 and name ca