b.在命令窗口输入‘select awater,((E2O)around 3.3) and (resn HOH)’,显示E2O周围3.3 Å范围内的水分子并创建新对象(awater),取消对象选中,单击S–spheres按球状结构显示水分子,在命令窗口输入‘set sphere_scale,0.3’调整结构大小c.选中多余水分子,对象列表窗口会自动出现(sele)新对象,单击H–every...
x 选择中心在以s1任何原子为中心,以x埃为半径的范围内的所有原子PyMOL>select near_ten,resi 10 around 5 s1 expand x s1 e. x 通过在以s1任何原子为中心,以x埃为半径的范围内的所有原子扩充s1PyMOL>select near_ten_x,near 10 expand 3 s1 within x of s2 s1 w. x of s2 选择s1中在s2 x埃范围...
AI代码解释 select 5A,byres lig around5 然后敲击回车键 就会看到右侧有一个5A的对象 让我们修改5A的展示方式 也就是需要点击S按钮 s means show 选择surface 然后再次选择合适的颜色 我们要的效果就有了 然后再次输入命令: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 ray1000,1000 就可以得到一张好看...
:通过“Select → Around”选择某一残基周围特定距离(如5Å)内的其他分子,快速定位潜在相互作用区域。 5. 应用场景与扩展性 PyMOL在药物设计(如配体-受体对接分析)、结构生物学(如蛋白质构象变化研究)及教学中均有广泛应用。其脚本接口支持Python扩展,用户可编写自动化脚本批量处理结构对齐、动画...
select active_water, ((ligands)around 3.3) and (resn HOH)show spheres, active_wateralter active_water, vdw=0.5rebuild 6.展示活性位点中配体与酶的相互作用 点击“active -> A -> Zoom”居中放大显示活性位点，然后点击“ligands -> A -> Find -> Polar Contacts -> To Any Atoms”显示配体与酶...
例如,选择所有赖氨酸(LYS)可以使用命令:select lysines, resn LYS。 根据位置选择氨基酸: 如果你想选择某个特定区域或范围内的氨基酸,可以使用around或expand命令。 例如,选择某个配体周围10埃范围内的所有氨基酸残基:select near_ligand, byres resn LIGAND around 10(这里LIGAND应替换为你的配体残基名称)。 注意...
select (object) around (distance) 选择距某物体xÅ之内的物体 select active, byres all within (distance) of (object)选择距某物体xÅ之内的物体 (不太清楚两者区别,自己用的后一种) 将选中的活性口袋内的氨基酸提取,Action下拉菜单,generate,vacuum electrostatics,protein contact potential...
[code=Python width=600px]select 5A, byres ligand around 5[/code] PS: 配体5埃范围内的残基 [code=Python width=600px]show sticks, 5A color yellow, 5A[/code] 小技巧2-键角 小技巧3:巧用pymol的渲染(ray) ray将会创建一个现在的框架图像的渲染(ray-traced)图像。我们平常使用pymol的时候可能就是...
选中部分,Action下拉菜单, extract object 提取选中的部分 zoom (), animate 1 放大选中部分 bg_color white 设置背景颜色为白色(或其他black or gray) set cartoon_transparency, 0.8 调整cartoon(或其他surface...)的透明度 select (object) around (distance) 选择距某物体xÅ之内的物体 select...
1、选择水分子显示。2.8到3.2的长度正好是水分子的长度 select ligand_water,((ligand)around 3.2) and (resn HOH) 选择5i之内所有的分子 select active, byres all within 5 of sele 2、调整球形大小(不是命令,是位置) setting-edit all-sphere_scale 填入你认为合适的值 ...