1.用Pymol软件依次打开需要比对的同源序列,依次点击各个序列的活性位点,调整为球棍模型,调整颜色。 2.选择Alignment对同源序列进行比对。此时序列会大部分重合在一起,但是会出现部分序列活性位点不重合的现象。 3.再次选择Alignment插件进行比对,选择cealign将同源序列的活性位点重合(如下图)。 4.调整背景颜色为Grey或...
Alignment Objects 可以使用object = somename参数创建align对象。align对象可以：（1）对比序列查看器 （2）对比原子对结果展示3D查看器中的线条 （3）可以保存到clustalw序列比对文件 RMSD 单位是埃 RMSD,root-mean-square deviation，也就是均方根偏差。原子位置的均方根偏差是叠加蛋白质的原子（通常是骨架原子）...
align 1oky, 1t46 # 比较这两个结构,比较比较对象命名为:alnobj,并且将alnobj保存为clustalw 文件,文件名为alignment.aln align 1oky, 1t46, object=alnobj save alignment.aln, alnobj 结果: alignment.aln文本内容 PS: 附加鼠标操作流程:1t46右侧的A按钮-->align-->to molecule-->1oky 参考网页:https:...
align 1oky,1t46 # 比较这两个结构,比较比较对象命名为:alnobj,并且将alnobj保存为clustalw 文件,文件名为alignment.aln align 1oky,1t46,object=alnobj save alignment.aln,alnobj 结果: >alignment.aln文本内容 > PS:附加鼠标操作流程:1t46右侧的A按钮–>align–>to molecule–>1oky> 参考网页:https://p...
4. 结构对比:在“Plugin”中选择“alignment”（图5）→点击“OK”（图6）→结果显示“RMSD = 0.474”（图7）图5 Pymol GH-GHR结构图C 图6 Pymol GH-GHR结构图D 图7 Pymol GH-GHR结构图E 5. 结果分析：RMSD = 0.474，表示结构差异比较大 注：1>RMSD>0 表示结构高度相似；3>RMSD>1 表示有一定...
对于蛋白小分子结合来说,一般结合口袋结构相似的蛋白倾向于结合物理化学性质相似的配体。为了比较结构,我们通常会用pymol对需要比较的蛋白进行alignment。当两个蛋白整体结构相差很多的情况下,align整体蛋白结构无法完美的align两个蛋白的结合口袋。没办法align,那怎么研
align的结果会生成7个数值,它们分别是: RMSD after refinement Number of aligned atoms after refinement Number of refinement cycles RMSD before refinement Number of aligned atoms before refinement Raw alignment score Number of residues aligned
2. 当align不能满足的时候,你也可以使用pymol的插件alignment选择一个比对方式,来进行比较 这里我们先来看下比较方式的不同定义: align:首先进行序列对齐,然后进行结构叠加,随后循环几个周期来进行优化,以便拒绝掉在拟合期间发现的异常值。在序列相似度较高的蛋白中align效果会比较好(序列>30%),如果序列相似度比较...
在“Plugin”中选择“alignment”(图5)→点击“OK”(图6)→结果显示“RMSD = 0.474”(图7) 图5 Pymol GH-GHR结构图C 图6 Pymol GH-GHR结构图D 图7 Pymol GH-GHR结构图E 5. 结果分析: 5. 结果分析: RMSD = 0.474,表示 结构差异比较大
4.1 Simple Structure Alignment (500 words) - Step 1: LoadingStructures - Step 2: Aligning the Structures - Step 3: Visualization and Analysis 4.2 Aligning Multiple Structures (600 words) - Step 1: Loading Multiple Structures - Step 2: Superimposing Structures - Step 3: Aligning Subsets of Stru...