1.用Pymol软件依次打开需要比对的同源序列,依次点击各个序列的活性位点,调整为球棍模型,调整颜色。 2.选择Alignment对同源序列进行比对。此时序列会大部分重合在一起,但是会出现部分序列活性位点不重合的现象。 3.再次选择Alignment插件进行比对,选择cealign将同源序列的活性位点重合(如下图)。 4.调整背景颜色为Grey或...
首先在PyMod窗口选中3JW3_Chain_A和2ZZA_Chain_A,在主菜单点击“Tools -> Alignment Tools -> Structural alignment -> SALIGN (Structural alignment)”,此时,在PyMOL窗口可以看到两个蛋白结构已经叠合。 下面我们还需与目标序列进行对齐,有三种工具可以选择:ClustalW、SALIGN或者Clustal Omega;本例中我们选择“C...
步骤如下,3nss-->Action-->align-->to molecule-->5nwe 2. 当align不能满足的时候,你也可以使用pymol的插件alignment选择一个比对方式,来进行比较 这里我们先来看下比较方式的不同定义: align:首先进行序列对齐,然后进行结构叠加,随后循环几个周期来进行优化,以便拒绝掉在拟合期间发现的异常值。在序列相似度较...
对于蛋白小分子结合来说,一般结合口袋结构相似的蛋白倾向于结合物理化学性质相似的配体。为了比较结构,我们通常会用pymol对需要比较的蛋白进行alignment。当两个蛋白整体结构相差很多的情况下,align整体蛋白结构无法完美的align两个蛋白的结合口袋。没办法align,那怎么研
步骤二:用APBS插件,只需要 1、在APBS Tools窗口“Main”标签下,选择Use another PQR,然后搜索所需PQR文件(通过Choose Externally Generated PQR:按钮)或直接输入PQR文件的路径。 2、APBS.exe路径要按照安装的路径设:例如C:\APBS\APBS.exe。其余留空,插件自己会处理。
他可以重新对氨基酸编号进行重排,重命名蛋白链,重新定义二级结构。 使用 代码语言:javascript 复制 alter selection,expression 案例 代码语言:javascript 复制 # 更改链名 alter chainA,chain='B'alter all,resi=str(int(resi)+100)sort # 改变原子的vdw半径alter(nameP),vdw=1.90# 如果dots,spheres,mesh or surf...
结构比对align prot1///CA, prot2, object=alignment 将两个选择进行拟合fit selection, target 复制选择的结构为对象copy target, source 从选择创建新的对象create target, selection 删除选择或对象delete selection 保存文件save filename, selection 保护
步骤二:用APBS插件,只需要 1、在APBS Tools窗口“Main”标签下,选择Use another PQR,然后搜索所需PQR文件(通过Choose Externally Generated PQR:按钮)或直接输入PQR文件的路径。 2、APBS.exe路径要按照安装的路径设:例如C:\APBS\APBS.exe。其余留空,插件自己会处理。
步骤二:用APBS插件,只需要 1、在APBS Tools窗口“Main”标签下,选择Use another PQR,然后搜索所需PQR文件(通过Choose Externally Generated PQR:按钮)或直接输入PQR文件的路径。 2、APBS.exe路径要按照安装的路径设:例如C:\APBS\APBS.exe。其余留空,插件自己会处理。
当align不能满足的时候,你也可以使用pymol的插件alignment选择一个比对方式,来进行比较 这里我们先来看下比较方式的不同定义: align:首先进行序列对齐,然后进行结构叠加,随后循环几个周期来进行优化,以便拒绝掉在拟合期间发现的异常值。在序列相似度较高的蛋白中align效果会比较好(序列>30%),如果序列相似度比较低的...