Pymol align命令 Amberer 然宝studyPymol可以对两个结构使用命令 align 1, 2 进行比对,得出RMSD。和数学公式RMSD不同,其将两个结构进行对齐后计算rmsd,为了验证这一假设,先把某个分子做平移 translate [3,3,3],1 调整两个结构视角 zoom 重新进行rmsd计算 align 1,2 你会发现计算结果和之前一样,说明Pymol计...
Align - 常常在结构生物学以及虚拟筛选中使用，当对不同的蛋白结构并对其进行比较时，我们就可以使用align比较蛋白结构，查看两者之间的差异，这个结构上的差异有一个量化的指标就是RMSD。align mobile, target [, cutoff [, cycles [, gap [, extend [, max_gap [, object [, matrix [, mobile_state [, ...
align 1ks2_CA, spin_CA, object=aln hide cartoon show ribbon Colours 现在我们可以使用颜色来表示对齐结果,其中颜色代表了Cα原子之间的RMSD值。使用脚本:https://raw.githubusercontent.com/Pymol-Scripts/Pymol-script-repo/master/colorbyrmsd.py(将其保存为colorbyrmsd.py文本文件,或者选择全部复制粘贴到文...
当在同一个窗口打开了两个pdb文件之后可以看到当前视野里面只显示了一个结构,这个是因为两个结构在坐标上的差异,而Pymol软件默认是以最新打开的分子结构为中心。 为了能够调整两个结构到同一个坐标体系,这个时候就需要使用Pymol软件中的align命令了,也可以使用鼠标来实现。选中需要被align的结构,在A选项的下拉选项卡...
• Pymol> align (2xuv and n. CA ), (hdea and n. CA) 基于原子对 • Wizard-> Pair Fiting 2、测量 距离 • Pymol> distance (sele1), (sele2) 角度 • Pymol> angle (sele1), (sele2), (sele3) 二面角 • Pymol> Dihedral (sele1), (sele2), (sele3), (sele4) ...
可以使用命令`fetch`来导入蛋白文件,例如: ``` fetch protein1.pdb fetch protein2.pdb ``` 2.在Pymol窗口的命令行中输入以下命令来选择要重叠的蛋白: ``` select protein1, protein1.pdb select protein2, protein2.pdb ``` 3.使用命令`align`来执行蛋白序列的重叠操作,指定重叠对象和对齐方法。例如,...
再打开一个蛋白结构 输入align name3, name1 可以看到三个蛋白都重叠在了一起，通过点击右侧栏的蛋白...
为了精确对齐两个蛋白质分子,你可以使用PyMOL的align命令。这个命令会对两个分子进行结构对齐,使它们在空间结构上重叠。例如,如果你想将分子2def对齐到分子1abc上,可以使用以下命令: python align 2def, 1abc #将2def对齐到1abc上 注意,align命令默认会使用所有原子的坐标来进行对齐。如果你只想使用部分原子(比...
alignmol1&resiN1-N2& namen+ca+c+o,mol2&resiN3-N4& namen+ca+c+o按某段残基的主链进行叠合 在align的过程中会产生一个root mean square deviation (RMSD),这个值可在一定程度上衡量alignment的效果。 Set control (可以通过这个命令来调整所有参数的值,可惜没有什么详细的介绍) 例如setsphere_scale, 0.5...
今天我们来学习一下配体小分子的RMSD如何计算查看。 1、首先我们使用pymol,选择一次对接结果中受体和配体的pdbqt文件,分别打开。File->open 2、然后我们在命令栏输入align grid,CID101238141按回车 显示有29个原子atoms被匹配了,计算的RMSD值为2.518A。 小云还可以带你使用python中命令行计算RMSD ...