PyMOL> disable bb #pink dots消失,命名选择“bb”仍可见 PyMOL>color red,bb #仍然可以操控“bb” 4.改变视点
预定义的颜色名字可以在外部GUI窗口的Settings Colors中找到:Pymol> color color-namePymol> color color-name, selection-expression比如我们可以:Pymol> color red, ss hPymol> color yellow, ss sPymol 14、> color green, ss l+""其中“ss”代表secondary structure,“h”代表Helix,“s”代表Beta sheet,...
其他命令的帮助信息也可通过同样的方式 获得,比女口 help color、 help select、help show等等。11PyMOL使用入门#PyMOL使用入门label ESCRIPTICN"1 abeV 1 aDel5 one or mare atoms ini a selection by evaluatlng an expression referencing properties for each ar...
L: Label ? C: Color ? PyMol可以同时打开多个PDB文件,或将某个PDB文件拆 分成多个独立单元。每个PDB或独立单元可以通过”A”中 的”rename selection”重新命名后显示在Names Panel上。 7 ASHLC menu ? Action Show Hide Label Color 8 The External GUI Window Standard menu bar Command input field Output...
pymol使用教程 基本的鼠标操作 里主要介绍一下Pymol的基本操作，包括窗口菜单、加载文件、图像的基本鼠标操作等等。当你打开Pymol后，你将会看到如下图所示的界面：该界面分为2窗口，上面的外部GUI窗口（External GUI）和下面的Viewer Window。Viewer Window又分为左右两块，左边用来显示结构图像的（Viewer），右边则是...
Pymol> color green, ss l+"" 其中“ss”代表secondary structure,“h”代表Helix,“s”代表Betasheet,l+""代表Loop和所以其他结构。 这3句的作用分别是把所有的Helix变成红色;把所有的Betasheet变成黄色;把所有的Loop以及其他部分变成绿色,于是我们得到: ...
Pymol> color green, ss l+"" 其中“ ss”代表 secondary structure ,“h”代表 Helix ,“s”代表 Beta sheet , l+"" 代表 Loop 和所 以其他结构。 这3 句的作用分别是把所有的 Helix 变成红色; 把所有的 Beta sheet 变成黄色; 把所有的 Loop 以及其他部分变成绿色,于是我们得到: Pymol 可以同时...
26 Pymol> bg_color white Pymol> 进入measurement模式测量我们所需要的距离 Pymol> set dash_length Pymol> set dash_radius Pymol> set dash_gap Pymol> set dash_color, grey 在pymol中导入电子密度图假设我们已经有了一个蛋白质的pdb文件(protein.pdb 53、)和mtz()文件,这样我们就可以用fft(Fast Four...
常用于蛋白质二级结构的可视化 select color blue # 选择所有颜色为蓝色的原子,通常用于选择那些在当前可视化中设置为蓝色的原子 select cartoon_color blue # 选择所有卡通表示中颜色为蓝色的原子,常用于选择卡通表示中着色为蓝色的部分 select ribbon_color blue # 选择所有带状结构中颜色为蓝色的原子,常用于显示在...
在settings/colors菜单里有预定义的color-names,也可以在控制面板里进行颜色选择。(更多颜色命令见“设置”部分) 语法 color color-name #整个object被着色 color color-name,selection-expression #selection被着色 例如 PyMOL>color white PyMOL>color orange,pept PyMOL>color green,resi 50+35+56 PyMOL>color...