A. 我们可以使用color by element选项为蛋白质结构中存在的碳、氢、氧和氮着色。（按元素）B. 我们可以使用 color by chain 选项给链上色。（按链条）C. 我们可以使用 color by ss 选项为二级结构（螺旋、片层、环）着色。（作者：ss）D. 我们可以使用 color by representation 选项按表示对结构进行着色。（...
下面单独给配体分子着色以突出显示：在对象面板点击“ligands -> C -> By Element -> CHNOS”；习惯使用命令行的小伙伴也可以输入以下命令实现同样的效果：color cyan, ligandscolor atomic, ligands & !elem C 8.添加标签 在对象面板中点击“active -> L -> Residues”为氨基酸残基添加标签；9.随时保存工作...
A.我们可以使用color by element选项为蛋白质结构中存在的碳、氢、氧和氮着色。(按元素)B.我们可以使用 color by chain 选项给链上色。(按链条)C.我们可以使用 color by ss 选项为二级结构(螺旋、片层、环)着色。(作者:ss)D.我们可以使用 color by representation 选项按表示对结构进行着色。(代表)E.我们还...
pymol显示小分子结合口袋 文章来自微信公众号/小桔的笔记本 两种查找小分子与蛋白相互作用的方法1.观察氢键选中小分子配体后 或者 2.观察疏水键:Surface更改外观:Show-surface更改颜色:color-by element 上图中:红色区域:通常表示负电荷区域,通常与亲水性(hydrophilic)相关。这些区域可能与带正电的或极性分子相互作用,...
12.操作对象obj01,隐藏其余氨基酸(Hide-Lines) 13.可设置水分子显示大小:(Setting—Edit All,调出设置框,将nb_spheres size的大小改为0.4,按回车键) 14.选中配体周围氨基酸,统一显示颜色,操作sele对象:(Color-by element一这里选第五种颜色)从图中看到:1.化合物吡啶环...
12.操作对象obj01,隐藏其余氨基酸(Hide-Lines) 13.可设置水分子显示大小:(Setting—Edit All,调出设置框,将nb_spheres size的大小改为0.4,按回车键) 14.选中配体周围氨基酸,统一显示颜色,操作sele对象:(Color-by element一这里选第五种颜色)从图中看到:1.化合物吡啶环上的氮原子与M318的氯基形成氢键作用,化合...
在pymol中打开.pdb 在里面找出ligand,点sele的A(action)/rename Rename这个ligand,这里命名为lig 选all,H(hide)everthing 选lig,S(show)sticks 7.2j50(就是那个蛋白)S/cartoon 8.在后面的color调整颜色,这里ligand选byelement 2j50选white 9.下面显示氢键,点击2j50的Action,选择find/polarcontacks/tootheratomsi...
A.我们可以使用color by element选项为蛋白质结构中存在的碳、氢、氧和氮着色。(按元素)B.我们可以使用 color by chain 选项给链上色。(按链条)C.我们可以使用 color by ss 选项为二级结构(螺旋、片层、环)着色。(作者:ss)D.我们可以使用 color by representation 选项按表示对结构进行着色。(代表)E.我们还...
这就要用到C按键,C是Color的意思。点击C按键你会看到下图所示的工具框,其中by element指按元素类型着色,by chain按肽链着色,by ss按二级结构着色(secondary structure),spectrum是指渐变色, 7、还有red、green等等各种颜色。点击一下by ss,你会发现螺旋、折叠和无规则卷曲显示成了不同的颜色,这样显示整个结构是不...
8.在后面的color调整颜色,这里ligand选by element 2j50选white 9.下面显示氢键,点击2j50的Action,选择find/polar contacks/to other atoms in object,氢键就出来了 10.然后再找氢键作用的残基,可以在上面直接点选,但最好找出氨基酸代码来选取(因为这里面点不准) ...