消除上图中叉叉,点击all-hide-nonbonded 修改背景颜色display-background-white 根据小分子相互作用关系,利用找到活性口袋的氨基酸并让其显示出来:display-sequence-选择氨基酸残基 展示他们的棒状结构:show-sticks 给这个口袋起一个名字:sele-action-rename 修改一下颜色:sele_pocket-color-by element-选择一个颜色 化合...
A. 我们可以使用color by element选项为蛋白质结构中存在的碳、氢、氧和氮着色。（按元素）B. 我们可以使用 color by chain 选项给链上色。（按链条）C. 我们可以使用 color by ss 选项为二级结构（螺旋、片层、环）着色。（作者：ss）D. 我们可以使用 color by representation 选项按表示对结构进行着色。（...
在右侧工具栏中,1栏后选择C(color)→by element→选择与蛋白质cartoon结构差别较大的颜色。 7.查找与小分子结合的氨基酸 选择与小分子“1”距离5以内氨基酸残基, 在命令栏中输入:select active, byres all within 5 of 1 此时,目的氨基酸将被选中,修改这些被选中的氨基酸为“11”。这样可以方便后续识别与操作。
A.我们可以使用color by element选项为蛋白质结构中存在的碳、氢、氧和氮着色。(按元素)B.我们可以使用 color by chain 选项给链上色。(按链条)C.我们可以使用 color by ss 选项为二级结构(螺旋、片层、环)着色。(作者:ss)D.我们可以使用 color by representation 选项按表示对结构进行着色。(代表)E.我们还...
这就要用到C按键,C是Color的意思。点击C按键你会看到下图所示的工具框,其中by element指按元素类型着色,by cha 7、in按肽链着色,by ss按二级结构着色(secondary structure),spectrum是指渐变色,还有red、green等等各种颜色。点击一下by ss,你会发现螺旋、折叠和无规则卷曲显示成了不同的颜色,这样显示整个结构是不...
点击object上的 C按钮 -> by element 按照二级结构着色 按照b-factor着色 按照整体着色 设置背景颜色 背景颜色默认是黑色的,发表文章的时候背景颜色通常设置为白色。 | 点击菜单栏中的 Display->background->white 如图所示: 制作b-factor-value 图 点击A->preset->b-factor putty, 如下图所示: ...
bg white//背景改为白色assurface,3oc0//显示大分子表面color white,3oc0//将颜色改为白色settransparency,0.5//设置透明度为50% 点击右侧控制台的lig对象的C项,选择by element,碳原子为cyan。 image 将我们需要的氨基酸残基复制到新对象中 create residues, (3oc0 in resi 205+206+631+656+659+662+666) ...
在pymol中打开.pdb 在里面找出ligand,点sele的A(action)/rename Rename这个ligand,这里命名为lig 选all,H(hide)everthing 选lig,S(show)sticks 7.2j50(就是那个蛋白)S/cartoon 8.在后面的color调整颜色,这里ligand选byelement 2j50选white 9.下面显示氢键,点击2j50的Action,选择find/polarcontacks/tootheratomsi...
点击object上的 C按钮 -> by element 按照二级结构着色 按照b-factor着色 按照整体着色 设置背景颜色¶ 背景颜色默认是黑色的,发表文章的时候背景颜色通常设置为白色。 | 点击菜单栏中的 Display->background->white 如图所示: 制作b-factor-value 图¶ ...
2、 .在后面的color调整颜色,这里ligand选byelement2j50 选 whiteGrayscyans、.oranges tintswhite gray90 graySO gray70 gray60grays|1find/polar contacks/to other atoms in object,氢键就出来了2J502Action;lig-2_pozoomorientcenterorigindrag matrix reset matrixdrag coordinates cleanPolar Contacts;Find;withi...