在pymol中,可以使用set指令来设置分子表面的颜色。语法如下: set surface_color, <颜色名称> 其中,<颜色名称>可以是预定义的颜色名称,如red、green、blue等。 以下是一些示例: •设置分子表面为红色: set surface_color, red •设置分子表面为绿色: set surface_color, green 5. 其他颜色指令 除了上述介绍的...
Pymol创建一定透明度的surface,里面包含cartoon模型。show cartoon #显示cartoon show surface #显示表面 hide lines #隐藏lines set surface_color,green #修改表面颜色,green为可修改参数 set transparency,0.…
5.1 设置背景颜色(bg_color) 如,设置背景颜色为白色: bg_color white 5.2 设置surface的颜色(cartoon_color) 设置surface的颜色为red。[展示的时候提前展示为surface] set surface_color,red color blue unset surface_color #取消当前的设置 5.3 着色(color) color red,objectname 6.设置surface的大小(solvent_rad...
【摘要】 Pymol(1.8.6)创建一定透明度的surface,里面包含cartoon模型。 show cartoon #显示cartoon show surface #显示表面 hide lines #隐藏lines set surface_color,green #修改表面颜色,green为可修改参数 set transparency,0.4 #设置表面透明度,0.4为... Pymol(1.8.6)创建一定透明度的surface,里面包含cartoon模型。
show surface transparency - 增加或减少结构的透明度 set cartoon_transparency, 0.60 #其中0表示更不透明，越接近 1 越透明 4 创建测量对象 distance - 用于测量距离 distance measure01, b/46/ce, b/53/cg dist – 用于测量氢键 dist hbond01, chain a, chain b, mode=2 angle - 用于测量角度 angle...
set surface_proximity, 1 set transparency, 0.6 set ray_shadows, 0 set two_sided_lighting show surface, prot within 5 of lig show sticks, lig orient lig set surface_color, limegreen set surface_type, 2 # mesh png overview.png, 20cm, 18cm, dpi=300, ray=1 ...
Show 将object 渲染成cartoon 、line、stick lines sphere surface mesh dots ribbon 等模式; Hide 根据object的状态或者描述进行相应的掩藏; Label 显示object中残基 原子等名称或者属性 - Color 对Object 进行着色。 下面对Show 着重讲解: show 有2类操作方法: ...
Setp3,生成静电势能 Setp4, 设置透明度,setting->edit all Setp5,选择原来蛋白 Setp6, 改颜色, 效果如下: Setp7, 单独给cartoon设置颜色:set cartoon_color, yellow Setp8, 恢复默认颜色, set cartoon_color, default Setp9, 给特定对象设置颜色set cartoon_color, yellow, 4pl6 ...
第三张图只是把表面的颜色改了改,如果用前面所学的color改的话,连cartoon的颜色也会改掉,而只想改变surface的颜色,得使用下面的命令set surface_color, gray70,pro1 or pro2把pro1和pro2的表面颜色改为灰70,gra 26、y70配合白色背景非常好。也可以只改pro1或pro2的表面颜色。ray一下,保存即可得到第三张...
set reflect,1.5; set ray_shadow_decay_factor, 0.1; set ray_shadow_decay_range, 2; set depth_cue, 0; ray; 下图中,输入“BW”可以获得一张黑白的Cartoon样式: 下图中,我们输入了“colorh2”可以使蛋白结构根据疏水性进行着色: 上面是我们使用“Shortcut”快捷命令包的几个例子,实际上当然功能更多,该快...