假设你的surface对象名称为surface_1。 使用set transparency命令设置透明度: 你可以使用set transparency命令来设置surface的透明度。这个命令接受一个介于0(完全不透明)到1(完全透明)之间的值。 python set transparency, 0.5, surface_1 在这个例子中,surface_1的透明度被设置为0.5(半透明)。 验证透明度设置: 在Py...
在右侧选择菜单栏(2lmf)→S(show)→surface选择呈现展示表面结构 调整表面透明度Setting→Transparency→Surface→40% 最后输出图片。 2. 使用对应PyMOL脚本color_h.py up自己当时需要做亲疏水性时,找到了一个PyMOL脚本,该脚本根据每个氨基酸的疏水性对导入的氨基酸序列进行计算并上色。它的依据是氨基酸的疏水性的标度...
b.关于对象1eve,单击S–surface显示表面结构,主菜单栏选择Setting → Transparency → Surface调整表面透明度c.调整视角,在命令窗口输入‘ray’渲染出图https://mp.weixin.qq.com/s/GdcmAxvcCN5U92fsdaDPswmp.weixin.qq.com/s/GdcmAxvcCN5U92fsdaDPsw...
鼠标操作只能基于显示模式进行设置,如:cartoon surface sphere stick等1. 将cartoon 设置成透明的,透明度50%;点击菜单栏中的Setting->Transparency->cartoon->50%;2. 将Surface 设置成透明的,透明度50%;点击菜单栏中的Setting->Transparency->surface->50%;...
效果如下: Setp7, 单独给cartoon设置颜色:set cartoon_color, yellow Setp8, 恢复默认颜色, set cartoon_color, default Setp9, 给特定对象设置颜色set cartoon_color, yellow, 4pl6 Setp10, 给特定对象设置透明度, set cartoon_transparency 0.4 4pl6...
show cartoon show surface transparency - 增加或减少结构的透明度 set cartoon_transparency, 0.60 #其中0表示更不透明，越接近 1 越透明 4 创建测量对象 distance - 用于测量距离 distance measure01, b/46/ce, b/53/cg dist – 用于测量氢键 dist hbond01, chain a, chain b, mode=2 angle - 用于...
1️⃣ 显示模式切换:从 `sticks` 到 `balls and sticks`,再到 `surface` 和 `mesh`,选择最适合你的显示模式,让分子结构一目了然。2️⃣ 色彩与透明度调整:用 `spectrum` 命令给分子上色,用 `transparency` 命令调整透明度,让内部结构清晰可见。
命令“set surface_mode, 1”将创建一个表面视图。命令“set transparency, 0.5, surface”将表面的透明度设置为50%,从而创建出半透明的表面视图。 结论 透明度命令是Pymol中的一个非常有用的工具,可以用来控制分子透明度,从而创造出许多不同的视觉效果。了解透明度的基本概念,并掌握如何使用透明度命令的技巧,可以让您...
突变后4. 其他技巧4.1 设置透明度鼠标操作只能基于显示模式进行设置,如:cartoon surface sphere stick等 将cartoon 设置成透明的,透明度50%;点击菜单栏中的Setting->Transparency->cartoon->50%; 将Surface 设置成透明的,透明度50%;点击菜单栏中的Setting->Transparency->surface->50%; ...
修改surface 透明度: set transparency ,0.5 修改cartoon透明度: set cartoon_transparency ,0.5 保存高质量图片: 先用ray渲染,再用png保存. PyMOL展示可视化结果: 氢键: 在配体中选择: Label相关: (1)字体大小 label字体的默认大小是14pt, 单位是pt: ...