set transparency, 0.3, selection=helix1 2. 通过图形界面调整透明度 调整整个分子的透明度 在PyMOL的图形界面中,点击菜单栏的Setting选项。 在下拉菜单中选择Edit All,这将打开一个包含所有可编辑属性的对话框。 在对话框中找到Transparency选项,并通过滑块或输入框调整透明度值。 调整特定对象的透明度 首先,使用鼠标...
在PyMOL的命令输入区,使用set_transparency命令可以调整整个分子或特定选择的透明度。例如,将整个蛋白质的透明度设置为0.5(50%不透明): set_transparency, 0.5, selection=all 这里的selection=all意味着调整当前视图中所有可见对象的透明度。 进阶:单独调整对象的透明度 首先,通过select命令选择一个或多个对象: select h...
默认全状态 target_state = 整数：目标选择的对象状态， 默认全状态 transform = 0/1: 是否做叠加，默认13 surface背景下的cartoon图 show - 用于显示representation show cartoon show surface transparency - 增加或减少结构的透明度 set cartoon_transparency, 0.60 #其中0表示更不透明，越接近 1 越透明 4 ...
2.4 细节调整 1)将cartoon 设置成透明的;点击菜单栏中的Setting->Transparency->cartoon->50%;Uni-layer; 点击菜单栏中的Setting->Transparency->Uni-layer 2)Sticks显示的残基,C,按元素并选择第一个选项 3)set label_color, green, 对象名#可以更改标签颜色但是好像改了也不好看发布...
这是一个有趣的命令。为了增加和减少结构的透明度，我们可以使用命令set cartoon_transparency, 0.60，其中表示更不透明，越接近 1 越透明。看看我们的结构在降低透明度后看起来有多透明。现在，如果我们想让我们的结构恢复到之前的样子，我们可以在 PyMOL 命令框中键入set cartoon_transparency, 0 （因为 0 表示不...
14、获取对接细节图，Setting-Transparency-Cartoon-60%（卡通类型透明度60%）15、显示氢键长度，点击ligand_polar_con-S-labels 16、显示氨基酸残基名字，Bindingsite-L-residues 17、调整标签大小，Setting-Label-Size-Point为绝对大小，无论图片放大还是缩小，字的大小不变，下面的Angstrom为相对大小,我一般选择1 ...
修改surface 透明度: set transparency ,0.5 修改cartoon透明度: set cartoon_transparency ,0.5 保存高质量图片: 先用ray渲染,再用png保存. PyMOL展示可视化结果: 氢键: 在配体中选择: Label相关: (1)字体大小 label字体的默认大小是14pt, 单位是pt: ...
命令“set transparency, 0.0, resn ATP”将使分子的名为“ATP”的部分完全不透明。 2.合并分子 使用透明度命令可以合并几个分子在Pymol中创建出各种复杂的视觉效果。例如,如果您需要比较两个蛋白质的结构,您可以将它们合并在一起,并为每个蛋白质设置不同的透明度以使它们分开显示。 以下是一些用于合并分子的命令...
让我们set cartoon_transparency, 1看看会发生什么。 通过将我们的 cartoon_transparency 设置为 1,我们的蛋白质结构变得完全透明,我们再也看不到我们的结构了。希望这几篇内容,可以让你不再害怕Pymol的操作,这个软件其实一点也不难。参考资料: https://medium.com/@snippetsbio/pymol-10-very-basic-commands-that...
14、获取对接细节图,Setting-Transparency-Cartoon-60%(卡通类型透明度60%) 15、显示氢键长度,点击ligand_polar_con-S-labels 16、显示氨基酸残基名字,Bindingsite-L-residues 17、调整标签大小,Setting-Label-Size-Point为绝对大小,无论图片放大还是缩小,字的大小不变,下面的Angstrom为相对大小,我一般选择1 Angstrom ...