Pymol配色设置命令 在命令行输入: set_color good_red, [228, 74, 62] set_color good_blue, [68,153,231] set_color good_yellow, [250,199,44] set_color good_green, [170,195,47] set_color good_pink, [236,114,164] set_color good_teal, [40,176,193] color good_blue, Your_protein...
1给选择的片段特定的颜色 set_color – 标准颜色的设置 set_color color1, [186,182,217]color – 选定片段上色 color color1，random_selection 2结构叠落与比对 Align - 常常在结构生物学以及虚拟筛选中使用，当对不同的蛋白结构并对其进行比较时，我们就可以使用align比较蛋白结构，查看两者之间的差异，这个结...
然后,定义了几种颜色,并将它们命名为red_alpha(红色)、red_beta(绿色)和red_loops(灰色)。接着,使用set_color命令分别为这些颜色指定了RGB值。 最后,通过color命令,你将定义的颜色应用到相应的二级结构部分上。 文中的RGB数值为: set_color red_alpha, [138, 138, 204] set_color red_beta, [45, 173, ...
set_color color_name, [r, g, b]在这个命令中，color_name是您要创建的颜色的名称，而[r, g, ...
set surface_color, <颜色名称> 其中,<颜色名称>可以是预定义的颜色名称,如red、green、blue等。 以下是一些示例: •设置分子表面为红色: set surface_color, red •设置分子表面为绿色: set surface_color, green 5. 其他颜色指令 除了上述介绍的颜色指令外,pymol还提供了其他一些颜色相关的指令,用于更精细...
set_color red_alpha, [138, 138, 204] # 红色通道数值越高,颜色越强 set_color red_beta, [45, 173, 45] # 绿色通道数值越高,颜色越强 set_color red_loops, [233, 233, 233] # 灰色通道数值越高,颜色越强通过这些步骤,你可以在Pymol中为蛋白质的二级结构赋予不同的颜色,从而更直观地展示其结构...
自定义颜色:set_color lg, [189, 127, 189] focus到小分子配体:zoom lig 取消配体选择:disable lig 3. 以mesh样式展示小分子电子密度 isomesh lig_ed, 6rcg_2fofc, 1.0, lig, carve=1.7 lig_ed是给新建的电子密度map命名;6rcg_2fofc是打开的电子密度文件;1.0是电子密度显示选择的sigma level【一般文章发...
我下面通过命令set_name protein,p又将protein改为p。 为了更好的区分受体和配体,我们通过C(color)来更改,根据自己喜好。 Selecting 处切换到残基。 然后选择小分子,右侧又多了一个sele,我们同样可以更改名字。 我这里把名称改成了ligand,我们选中小分子,按下图选择,让小分子显示氢键。
A：A代表Action，S：S代表Show，H：H代表Hide，L：L代表Label，C：C代表Color。Lights, Camera, ACTION!操作按钮基本上是编辑按钮的变体，您可以通过它执行任何类型的编辑任务。显示 Show按钮包含用于更改蛋白质结构外观和描绘蛋白质结构的其他分子（如有机分子、主链分子、侧链分子、二硫化物和价原子）的选项。蛋白...
set dash_length, 0.3 set dash_radius, 0.08 set dash_gap, 0.3 color green, measure01 color gray70, measure02 bg_color white show cartoon ### color smudge, lig & name C* set cartoon_transparency, 0.5 set cartoon_round_helices, 1 set cartoon...