命令 10 - 增加和减少结构的透明度 这是一个有趣的命令。为了增加和减少结构的透明度,我们可以使用命令set cartoon_transparency, 0.60,其中表示更不透明,越接近 1 越透明。看看我们的结构在降低透明度后看起来有多透明。现在,如果我们想让我们的结构恢复到之前的样子,我们可以在 PyMOL 命令框中键入set cartoon...
默认全状态 target_state = 整数:目标选择的对象状态, 默认全状态 transform = 0/1: 是否做叠加,默认13 surface背景下的cartoon图 show - 用于显示representation show cartoon show surface transparency - 增加或减少结构的透明度 set cartoon_transparency, 0.60 #其中0表示更不透明,越接近 1 越透明 4 ...
Setp2, 隐藏Non-bonded interactions - 非键接相互作用 Setp3,生成静电势能 Setp4, 设置透明度,setting->edit all Setp5,选择原来蛋白 Setp6, 改颜色, 效果如下: Setp7, 单独给cartoon设置颜色:set cartoon_color, yellow Setp8, 恢复默认颜色, set cartoon_color, default Setp9, 给特定对象设置颜色set car...
命令:set cartoon_ring_color,red,chain 2 and resi 47-55 set: 命令 cartoon_ring_color: 对象设置为RNA base red:base 颜色设置为红色 chain 2 and resi 47-55:RNA 链名为2并且第47-55碱基,这里的47-55对应着pymol序列上方的数字。 最终结果如下:图中红色区域即设置base为红色。 7PKT chain 2 and ...
在PyMOL中输入“fetch 2WCC”,即可自动显示其cartoon视图。📸🌀 第二步:调整DNA主链显示 将DNA双链的“主链”从“管状”更改为“椭圆形”,输入命令“cartoon oval, ///1+2”。🎨💡 第三步:设置DNA主链颜色 将DNA主链的颜色设置为黄色,使用命令“set cartoon_nucleic_acid_color, yellow”。💛🔄...
核酸骨架显示模式set nucleic_acid_mode, [0, 1, 2, 3, 4] 卡通侧链显示set cartoon_side_chain_helper, [0, 1] 刷新显示rebuild 设置卡通颜色set cartoon_color, blue 设置卡通内表面颜色set cartoon_highlight_color, grey 颜色变化时无过渡set cartoon_discrete_colors, on ...
set cartoon_color,颜色单词/default【删除颜色】,结构所在的名字 set cartoon-tranparency,0.3,2ac set tranparency,0.3,2ac 【surface的透明度】 6、动画相关 mset 1x900 mview store,1 7、蛋白结构重叠 align Pro1,Pro2 8.旋转 turn y,180
set cartoon_transparency, 0 我们的结构又回来了! 让我们set cartoon_transparency, 1看看会发生什么。 set cartoon_transparency,1 通过将我们的 cartoon_transparency 设置为 1,我们的蛋白质结构变得完全透明,我们再也看不到我们的结构了。希望这几篇内容,可以让你不再害怕Pymol的操作,这个软件其实一点也不难。参...
set cartoon_transparency,1 通过将我们的 cartoon_transparency 设置为 1,我们的蛋白质结构变得完全透明,我们再也看不到我们的结构了。希望这几篇内容,可以让你不再害怕Pymol的操作,这个软件其实一点也不难。参考资料: https://medium.com/@snippetsbio/pymol-10-very-basic-commands-that-you-really-need-to-kn...
对对大体已完成了对对行一些修settingtransparencycartoon50蛋白的透明度settinglabelsize18对对字体的大小settingeditallcartoon对对cartoon可以快点找出来或者入命令pymolsetcartooncolorwhite对对对对对在dashgaplengthwidth整把虚改好看点stick对对也可以改downloadmaps对ccp4格式generatemap对对在打的 1.将对接好的ligand...