命令 10 - 增加和减少结构的透明度 这是一个有趣的命令。为了增加和减少结构的透明度，我们可以使用命令set cartoon_transparency, 0.60，其中表示更不透明，越接近 1 越透明。看看我们的结构在降低透明度后看起来有多透明。现在，如果我们想让我们的结构恢复到之前的样子，我们可以在 PyMOL 命令框中键入set cartoon...
set cartoon_discrete_colors = on 类似的,也可对Cartoon以外的如Stick的显示样式进行更改。 05 设置自定义的颜色 虽然PyMOL中提供了多种颜色可供选择,但很多时候我们需要设置自定义的颜色,只需要提供颜色的RGB代码即可。用法为: set_color name, [ red-float, green-float, blue-float ] set_color name = [...
Setp2, 隐藏Non-bonded interactions - 非键接相互作用 Setp3,生成静电势能 Setp4, 设置透明度,setting->edit all Setp5,选择原来蛋白 Setp6, 改颜色, 效果如下: Setp7, 单独给cartoon设置颜色:set cartoon_color, yellow Setp8, 恢复默认颜色, set cartoon_color, default Setp9, 给特定对象设置颜色set car...
命令:set cartoon_ring_color,red,chain 2 and resi 47-55 set: 命令 cartoon_ring_color: 对象设置为RNA base red:base 颜色设置为红色 chain 2 and resi 47-55:RNA 链名为2并且第47-55碱基,这里的47-55对应着pymol序列上方的数字。 最终结果如下:图中红色区域即设置base为红色。 7PKT chain 2 and ...
show cartoon show surface transparency - 增加或减少结构的透明度 set cartoon_transparency, 0.60 #其中0表示更不透明，越接近 1 越透明 4 创建测量对象 distance - 用于测量距离 distance measure01, b/46/ce, b/53/cg dist – 用于测量氢键 dist hbond01, chain a, chain b, mode=2 angle - 用于...
cartoon的颜色改回白色(在filter里输cartoon可以快点找出来,改完后按回车) //或者输入命令Pymol>setcartoon_colorwhite 在改氢键的线型,在dashgaplengthwidth进行调整把虚线改好看点 Stick也可以改细点 13.电子密度 首先,登陆 HYPERLINK"http://eds.bmc.uu.se/eds/" http://eds.bmc.uu.se/eds/ 搜索你的蛋白...
set cartoon_transparency, 0 我们的结构又回来了! 让我们set cartoon_transparency, 1看看会发生什么。 set cartoon_transparency,1 通过将我们的 cartoon_transparency 设置为 1,我们的蛋白质结构变得完全透明,我们再也看不到我们的结构了。希望这几篇内容,可以让你不再害怕Pymol的操作,这个软件其实一点也不难。参...
set cartoon_color,颜色单词/default【删除颜色】,结构所在的名字 set cartoon-tranparency,0.3,2ac set tranparency,0.3,2ac 【surface的透明度】 6、动画相关 mset 1x900 mview store,1 7、蛋白结构重叠 align Pro1,Pro2 8.旋转 turn y,180
核酸骨架显示模式set nucleic_acid_mode, [0, 1, 2, 3, 4] 卡通侧链显示set cartoon_side_chain_helper, [0, 1] 刷新显示rebuild 设置卡通颜色set cartoon_color, blue 设置卡通内表面颜色set cartoon_highlight_color, grey 颜色变化时无过渡set cartoon_discrete_colors, on ...
Label 显示object中残基 原子等名称或者属性 - Color 对Object 进行着色。 下面对Show 着重讲解: show 有2类操作方法: show as 分别点击S->as->cartoon 和S->as->stick, 我们可以观察到AS模式是把原有的渲染模式抹除后再重新渲染,经过上述操作后仅仅显示stick形式 ...