a.将有关疏水性着色的脚本放至当前的工作路径下(可见PyMOLWiki官网),在命令窗口输入‘run color_h.py’加载脚本,再输入‘color_h 1eve’使对象1eve按疏水程度着色(白(弱)→红(强))b.关于对象1eve,单击S–surface显示表面结构,主菜单栏选择Setting → Transparency → Surface调整表面透明度...
1).脚本下载 脚本下载地址:Color h - PyMOLWiki 将脚本复制粘贴至txt文档中,并将文件后缀改为.py,即:color_h.py 2).运行脚本 a. 修改运行路径 运行脚本的前提是将运行路径修改至脚本所在的文件夹中。 File→Working Directory→Change→脚本color_h.py所在文件夹 b.运行脚本 File → Run → color_h.py ...
PyMOL：您真正需要知道的 10 个非常基本的命令「04」命令 9 - 使用按钮 A、S、H、L 和 C 如果你仔细看一下，我们蛋白质分子右侧的每一层都有按钮 A、S、H、L 和 C。您只需单击这些按钮和选项中的任何一个即可执行它们。A：A代表Action，S：S代表Show，H：H代表Hide，L：L代表Label，C：C代表Color。
PyMOL>color orange,pept PyMOL>color green,resi 50+35+56 PyMOL>color yellow,resi 24-35 PyMOL>color blue,boy007 PyMOL>color red,ss h PyMOL>color red,ss s PyMOL>color green,ss l+’’ 最后三个例子中ss是二级结构的选择符,h表示helix,s表示beta sheet,l+’‘表示loops和非特定结构。 3)...
比如整个蛋白显示绿色,命令是color green对a螺旋、B折叠和无规则卷曲着不同的颜色怎么实现呢?比如a螺旋(helix)显示红色,B折叠(sheet)显示绿色,无规则卷曲(loop) 显示蓝色,命令是color red,ss hcolor green,ss scolor blue,ss l+想必你猜出来ss h, ss s的意 13、思了,其实就是选择二级结构 a -helix或B ...
1.首先导入小分子-蛋白的复合物结构 在命令行输入以下命令：fetch 3FGU 2.调整显示样式 在PyMOL窗口右侧的对象面板中，点击“H -> Waters”隐藏所有的水分子；3.识别活性位点中的配体 首先通过单击顶部的下拉菜单“Display -> Sequence”打开序列查看面板：①在序列查看面板中向右滚动灰色条，直到找到配基名称（BGC...
如果你仔细看一下,我们蛋白质分子右侧的每一层都有按钮A、S、H、L和C。您只需单击这些按钮和选项中的任何一个即可执行它们。A:A代表Action,S:S代表Show,H:H代表Hide,L:L代表Label,C:C代表Color。 1.Lights, Camera, ACTION! 操作按钮基本上是编辑按钮的变体,您可以通过它执行任何类型的编辑任务。
Pymol> color yellow, ss s Pymol> color green, ss l+"" 其中“ss”代表secondary structure,“h”代表Helix,“s”代表Betasheet,l+""代表Loop和所以其他结构。 这3句的作用分别是把所有的Helix变成红色;把所有的Betasheet变成黄色;把所有的Loop以及其他部分变成绿色,于是我们得到: ...
预定义的颜色名字可以在外部GUI窗口的Settings Colors中找到:Pymol> color color-namePymol> color color-name, selection-expression比方我们可以:Pymol> color red, ss hPymol> color yellow, ss 14、 sPymol> color green, ss l+""其中“ss代表secondary structure,“h代表Helix,“s代表Beta sheet,l+""...
Pymol〉 color yellow, ss s Pymol> color green, ss l+"” 其中“ss”代表secondary structure,“h”代表Helix,“s"代表Beta sheet,l+""代表Loop和所以其他结构。 这3句的作用分别是把所有的Helix变成红色;把所有的Beta sheet变成黄色;把所有的Loop以及其他部分变成绿色,于是我们得到: Pymol可以同时打开多个...