1).脚本下载 脚本下载地址:Color h - PyMOLWiki 将脚本复制粘贴至txt文档中,并将文件后缀改为.py,即:color_h.py 2).运行脚本 a. 修改运行路径 运行脚本的前提是将运行路径修改至脚本所在的文件夹中。 File→Working Directory→Change→脚本color_h.py所在文件夹 b.运行脚本 File → Run → color_h.py ...
PyMOL：您真正需要知道的 10 个非常基本的命令「04」命令 9 - 使用按钮 A、S、H、L 和 C 如果你仔细看一下，我们蛋白质分子右侧的每一层都有按钮 A、S、H、L 和 C。您只需单击这些按钮和选项中的任何一个即可执行它们。A：A代表Action，S：S代表Show，H：H代表Hide，L：L代表Label，C：C代表Color。
set surface_color,gray80 此时,蛋白质的所有表面结构都会显示出来,不能很好的展示与小分子的结合部位。 2)将与小分子结合氨基酸的表面结构隐藏 在右侧工具栏,与小分子结合氨基酸(命名为“11”)一栏后,选择H(Hide)→surface 隐藏小分子周边的氨基酸(但其cartoon结构仍在),即可显示出结合部位。 整体调整一下画面的...
A:代表Action ,主要包含了对object的常用操作的集合,如 复制、删除object,对object加氢,展示Object等, S:代表Show ,将object 渲染成cartoon 、line、stick lines sphere surface mesh dots ribbon 等模式 H:Hide 根据object的状态或者描述进行相应的掩藏 L:Label 显示object中残基、原子等名称或者属性 C:Color 对Obj...
14.选中配体周围氨基酸,统一显示颜色,操作sele对象:(Color-by element一这里选第五种颜色)从图中看到:1.化合物吡啶环上的氮原子与M318的氯基形成氢键作用,化合物哌嗪环上的氮原子分别与I360和H361形成氢键作用,化合物的两个亚氨基氮原子也分别与E286和T315形成氢键作用2...
下图中,我们输入了“colorh2”可以使蛋白结构根据疏水性进行着色: 上面是我们使用“Shortcut”快捷命令包的几个例子,实际上当然功能更多,该快捷命令包提供了一共241个快捷命令,而且快捷命令可以在命令行上接受参数。在PyMOL中命令行输入“”可以查看全部的快捷命令以及这些命令的简短描述,为方便大家使用,一木在文末的...
例如，点击红色方框中的「A，S，H，C」，分别代表Action（动作）、Show（显示）、Hide（隐藏）和Color（着色），这些功能将帮助你对蛋白结构进行精确的调整和优化。图片来源：作者自制 在PyMOL中，你可以对蛋白结构执行多种操作。例如，使用Action功能，你可以为蛋白结构添加氢原子，或者进行复制和删除等操作。Show...
对象面板中有5个字母:A,S,H,L,C,分别代表了不同的可视化操作功能(Action,Show,Hide,Label,Color),鼠标左键点击相应的字母即出现下拉菜单,然后选择相应的功能即可进行不同的可视化操作。 S功能中,这些参数的设置可以更改目标分子的展现效果,且每个功能的展示出来后是效果是叠加的,如果不想叠加只想更改至另一种展...
• Pymol> color cyans, 2xuv • Pymol> dss 2xuv # 对2xuv计算二级结构 • Pymol> fetch 2xuv, hdeb • #载入对象,命名为hdeb • Pymol> as cartoon # 显示cartoon • Pymol> color magentas, hdeb 4、立体效果 PyMOL能够支持的立体图形模式: ...
Pymol> color yellow, ss s Pymol> color green, ss l+ 其中“ss”代表secondary structure,“h”代表Helix,“s”代表Beta sheet,l+代表Loop和所以其他结构。这3句的作用分别是把所有的Helix变成红色;把所有的Beta sheet变成黄色;把所有的Loop以及其他部...