以下选项也可用。A. 我们可以使用color by element选项为蛋白质结构中存在的碳、氢、氧和氮着色。（按元素）B. 我们可以使用 color by chain 选项给链上色。（按链条）C. 我们可以使用 color by ss 选项为二级结构（螺旋、片层、环）着色。（作者：ss）D. 我们可以使用 color by representation 选项按表示对...
PyMOL提供多种模型上色模式,皆可以在右侧菜单栏C(color)中进行修改。 按二级结构上色:按照螺旋,折叠和无规则卷曲的不同结构分别染上让不同颜色。软件自带的有三种配色,任选一个能够清晰明了表现三维结构特征的即可。也可以自定义其他配色,将在以后进阶学习中进行讲解。 按照元素上色。将肽链按照不同元素染色,如:C、...
color color1，random_selection 2结构叠落与比对 Align - 常常在结构生物学以及虚拟筛选中使用，当对不同的蛋白结构并对其进行比较时，我们就可以使用align比较蛋白结构，查看两者之间的差异，这个结构上的差异有一个量化的指标就是RMSD。align mobile, target [, cutoff [, cycles [, gap [, extend [, max_ga...
我下面通过命令set_name protein,p又将protein改为p。 为了更好的区分受体和配体,我们通过C(color)来更改,根据自己喜好。 Selecting 处切换到残基。 然后选择小分子,右侧又多了一个sele,我们同样可以更改名字。 我这里把名称改成了ligand,我们选中小分子,按下图选择,让小分子显示氢键。 我们鼠标旋转,可以看见4个氢...
PyMOL>bg_color black 修改surface 透明度: set transparency ,0.5 修改cartoon透明度: set cartoon_transparency ,0.5 保存高质量图片: 先用ray渲染,再用png保存. PyMOL展示可视化结果: 氢键: 在配体中选择: Label相关: (1)字体大小 label字体的默认大小是14pt, 单位是pt: ...
在pymol中,可以使用color指令来设置整个分子的颜色。语法如下: color <颜色名称>, <选择器> 其中,<颜色名称>可以是预定义的颜色名称,如red、green、blue等,也可以是RGB颜色值,如(1, 0, 0)表示红色。<选择器>用于选择需要设置颜色的分子、氨基酸或原子。 以下是一些常用的颜色设置示例: •设置整个分子为红色...
对象面板中有5个字母:A,S,H,L,C,分别代表了不同的可视化操作功能(Action,Show,Hide,Label,Color),鼠标左键点击相应的字母即出现下拉菜单,然后选择相应的功能即可进行不同的可视化操作。 S功能中,这些参数的设置可以更改目标分子的展现效果,且每个功能的展示出来后是效果是叠加的,如果不想叠加只想更改至另一种展...
color_name可以是颜色名称(如"red"、"blue")或颜色代号(如0.5、1.0)。object_name是要设置颜色的对象的名称。 #将分子对象的颜色设置为红色 1 此指令用于设置PyMOL窗口的背景颜色。 #将背景颜色设置为白色 1 此指令将显示PyMOL的颜色面板,允许交互式地选择颜色。 1 此指令用于查看当前PyMOL中可用的颜色。 1 ...
对象面板中有5个字母:A,S,H,L,C,分别代表了不同的可视化操作功能(Action,Show,Hide,Label,Color),鼠标左键点击相应的字母即出现下拉菜单,然后选择相应的功能即可进行不同的可视化操作。 S功能中,这些参数的设置可以更改目标分子的展现效果,且每个功能的展示出来后是效果是叠加的,如果不想叠加只想更改至另一种展...
在“color”中选择“by chain”（图9）→在“by chain”选择“by chain”（图9），即可见蛋白复合物有2条链（2种颜色显示，图10）。图10 Pymol GH-GHR结构图H 5.找到两条链相互作用的氨基酸残基 在Pymol加载InterfaceResidues.py代码：在“file”中点击“Run Script”（图11）→选择“InterfaceResidues.py”...