1.用pymol打开PDB文件,PDB文件中已经存在蛋白结合的模型。 2.选择Color-by chain 3.有的版本可以选择:action(A)— find — polar contacts — between chains 另外一种方法:点击显示序列(S) 完全选中其中一条链,并在侧边框生成sele选项 选择action(A)— find — polar contacts — to other atoms in object...
A. 我们可以使用color by element选项为蛋白质结构中存在的碳、氢、氧和氮着色。（按元素）B. 我们可以使用 color by chain 选项给链上色。（按链条）C. 我们可以使用 color by ss 选项为二级结构（螺旋、片层、环）着色。（作者：ss）D. 我们可以使用 color by representation 选项按表示对结构进行着色。（...
A.我们可以使用color by element选项为蛋白质结构中存在的碳、氢、氧和氮着色。(按元素)B.我们可以使用 color by chain 选项给链上色。(按链条)C.我们可以使用 color by ss 选项为二级结构(螺旋、片层、环)着色。(作者:ss)D.我们可以使用 color by representation 选项按表示对结构进行着色。(代表)E.我们还...
A.我们可以使用color by element选项为蛋白质结构中存在的碳、氢、氧和氮着色。(按元素)B.我们可以使用 color by chain 选项给链上色。(按链条)C.我们可以使用 color by ss 选项为二级结构(螺旋、片层、环)着色。(作者:ss)D.我们可以使用 color by representation 选项按表示对结构进行着色。(代表)E.我们还...
•chain:按链号选择氨基酸。例如,选择链号为A的氨基酸: select selection_name, chain A •name:按原子名称选择原子。例如,选择原子名称为CA的原子: select selection_name, name CA 通过选择器选择特定区域后,可以使用color指令来设置颜色。以下是一些示例: •设置选择的氨基酸为绿色: select selection_name, ...
在“color”中选择“by chain”（图9）→在“by chain”选择“by chain”（图9），即可见蛋白复合物有2条链（2种颜色显示，图10）。图10 Pymol GH-GHR结构图H 5.找到两条链相互作用的氨基酸残基 在Pymol加载InterfaceResidues.py代码：在“file”中点击“Run Script”（图11）→选择“InterfaceResidues.py”...
利用Pymol打开这个PDB文件:菜单窗口-File-Open。我们可以发现,显示窗口的右上角,有一栏按钮,all, A S H C,其中,S表示Show,H表示Hide, C表示 Color,我们下面要用到这三个按钮。 当PDB文件被调入的时候,显示窗口是这样的,并且在窗口的右上...
12.操作对象obj01,隐藏其余氨基酸(Hide-Lines) 13.可设置水分子显示大小:(Setting—Edit All,调出设置框,将nb_spheres size的大小改为0.4,按回车键) 14.选中配体周围氨基酸,统一显示颜色,操作sele对象:(Color-by element一这里选第五种颜色)从图中看到:1.化合物吡啶环...
12.操作对象obj01,隐藏其余氨基酸(Hide-Lines) 13.可设置水分子显示大小:(Setting—Edit All,调出设置框,将nb_spheres size的大小改为0.4,按回车键) 14.选中配体周围氨基酸,统一显示颜色,操作sele对象:(Color-by element一这里选第五种颜色)从图中看到:1.化合物吡啶环上的氮原子与M318的氯基形成氢键作用,化合...
对象面板中有5个字母:A,S,H,L,C,分别代表了不同的可视化操作功能(Action,Show,Hide,Label,Color),鼠标左键点击相应的字母即出现下拉菜单,然后选择相应的功能即可进行不同的可视化操作。 S功能中,这些参数的设置可以更改目标分子的展现效果,且每个功能的展示出来后是效果是叠加的,如果不想叠加只想更改至另一种展...