命令 10 - 增加和减少结构的透明度 这是一个有趣的命令。为了增加和减少结构的透明度，我们可以使用命令set cartoon_transparency, 0.60，其中表示更不透明，越接近 1 越透明。看看我们的结构在降低透明度后看起来有多透明。现在，如果我们想让我们的结构恢复到之前的样子，我们可以在 PyMOL 命令框中键入set cartoon...
PyMOL的竞争对手如流行的Molscript/Raster3D软件中也有Cartoon ribbons,但PyMOL却能非常容易地制作高质量的图片。由于PyMOL能直接读取Molscript的结果(见Molscript章节),所以能很方便的使用PyMOL的Cartoon ribbon功能:PyMOL的ribbon "molauto −nice ... | molscript −r > ..."Molscript的Cartoon更理想一点点,但...
A:代表Action ,主要包含了对object的常用操作的集合,如 复制、删除object,对object加氢,展示Object等, S:代表Show ,将object 渲染成cartoon 、line、stick lines sphere surface mesh dots ribbon 等模式 H:Hide 根据object的状态或者描述进行相应的掩藏 L:Label 显示object中残基、原子等名称或者属性 C:Color 对Obj...
为了得到更高质量和更漂亮得图片我们可以对菜单栏按照下面的路径继续处理 Setting >cartoon>highlight color(加深对比度) Setting > cartoon >fancy helix Setting >transparency> cartoon >调节透明度至50% Setting >label>size (调节label字体大小) Display>background color>white (背景设置为白色) 此时窗口中的图像...
• Pymol> as cartoon # 显示cartoon • Pymol> color magentas, hdeb 4、立体效果 PyMOL能够支持的立体图形模式: • Crosseye stereo • Walleye stereo • Hardware stereo • Geowall stereo • Sidebyside stereo • Quadbuffer stereo ...
3.保存图片:png filename.png 制作高清图片,制作完成后,输入ray命令,然后保存图片 4.设置label字体大小,label字体的大小默认是14pt: set label_size,20 5.着色:color red,object name 6.cartoon模式:cartoon loop pymol内置了10种cartoon模式,如下图:
在右侧工具栏中,1栏后选择C(color)→by element→选择与蛋白质cartoon结构差别较大的颜色。 7.查找与小分子结合的氨基酸 选择与小分子“1”距离5以内氨基酸残基, 在命令栏中输入:select active, byres all within 5 of 1 此时,目的氨基酸将被选中,修改这些被选中的氨基酸为“11”。这样可以方便后续识别与操作。
在对象面板点击“3FGU -> H -> Cartoon”隐藏蛋白的卡通显示，此时非活性位点的蛋白部分被隐藏，可以点击“ligands_polar_contacts -> H -> Labels”来隐藏氢键长度的标签；下面单独给配体分子着色以突出显示：在对象面板点击“ligands -> C -> By Element -> CHNOS”；习惯使用命令行的小伙伴也可以输入以下...
我们还可按下图步骤微调cartoon样式: 还可移动label的位置(设置Mouse Mode为Editing模式后,按住Ctrl键,用鼠标左键或右键拖动label;必要时,可先将cartoo隐藏起来,等调整好label后,再显示出来),让视图更清晰。经过上述一系列操作,得到下图: 2.6. 生成图片 上面的图已经可以发表文章了,但为了更好看,还需要进行一步:...