1. 设置全局透明度: 使用工具栏: Setting--Transparency--设置surface, sphere, cartoon, stick的透明度; 使用命令行: set stick_transparency, 0.8, 6fyp #设置6fyp这个蛋白所有stick的透明度为0.8 set surface_transparency, 0.8, 6fyp #设置6fyp这个蛋白所有su
在PyMOL中,透明度是一个重要的可视化参数,它可以帮助用户更好地观察和理解分子结构。 设置透明度的方法 全局透明度设置: 通过工具栏设置:在PyMOL的工具栏中,可以找到设置透明度的选项,通常位于“Setting”菜单下,可以选择对surface、sphere、cartoon、stick等不同类型的分子表示方式设置透明度。 通过命令行设置:使用set_...
1.1 cartoon透明度 # pymol set cartoon_transparency, 0.5, # 50%透明度, 是对象的名字 set cartoon_transparency, 0.5, <sele> # 50%透明度, <sele>是选择的部分 2. 获取坐标信息 centerofmass sele # pymol选中想要知道坐标的原子 3. 球棍模型 (1) 图形界面在 A -> Preset -> ball and stick, ...
点击S->as->cartoon观察该分子对象的不同形态,如图1所示。视频教程蛋白对象的简单平移、旋转、缩放首先将鼠标移动到2.1可视化窗口平移,按住鼠标中键不放,然后上下左右移动,进行体会,蛋白会随着鼠标而移动 旋转,按住鼠标左键不放,然后上下左右移动鼠标,蛋白会进行旋转 缩放,按住鼠标右键不放,然后上下移动,蛋白会进行...
命令 10 - 增加和减少结构的透明度 这是一个有趣的命令。为了增加和减少结构的透明度，我们可以使用命令set cartoon_transparency, 0.60，其中表示更不透明，越接近 1 越透明。看看我们的结构在降低透明度后看起来有多透明。现在，如果我们想让我们的结构恢复到之前的样子，我们可以在 PyMOL 命令框中键入set cartoon...
命令10 - 增加和减少结构的透明度 这是一个有趣的命令。为了增加和减少结构的透明度,我们可以使用命令set cartoon_transparency, 0.60,其中0表示更不透明,越接近 1 越透明。 看看我们的结构在降低透明度后看起来有多透明。现在,如果我们想让我们的结构恢复到之前的样子,我们可以在 PyMOL 命令框中键入set cartoon_tr...
Setting >> cartoon>>fancy helix Setting >> transperency>>cartoon>>50% 调节透明度 Setting >>label>>size 可以调节label字体大小 Display>>background color>>white 背景设置为白色 在最后一步ray的时候,可以输入命令ray,要得到其他分辨率的图片可以打命令ray x,y如ray 2000,1400就生成2000*1400分辨率的图片。
【摘要】 Pymol(1.8.6)创建一定透明度的surface,里面包含cartoon模型。 show cartoon #显示cartoon show surface #显示表面 hide lines #隐藏lines set surface_color,green #修改表面颜色,green为可修改参数 set transparency,0.4 #设置表面透明度,0.4为... ...
设置cartoon核酸颜色为黄色,并给残基DA+DC+DG+DT上色,标记为红色。🔴🌈 第五步:为特定核苷酸对上色 例如,给残基DA+DT上色,标记为蓝色。💙🎨 第六步:自定义核苷酸环颜色 将cartoon的ring颜色设置为粉红色,以残基名称为DA为例。💖🔬 第七步:调整透明度 设置cartoon_ring的透明度为1,让DNA显示更加立体。
🎨 Cartoon Transparency:从PyMOL 2.3开始,你可以设置Cartoon的透明度了!这允许你在保持Cartoon风格的同时,增加图片的层次感和细节。💡 小贴士:在设置时,记得备份你的原始文件,以防设置出错导致图片损坏哦。现在就去试试吧,让你的PyMOL图片更加出彩!🎉...