set cartoon_cylindrical_helices, 1 设置圆柱的粗细: set cartoon_helix_radius,0.9 set cartoon_helix_radius,2.5 启用默认 default 模式 set cartoon_fancy_helices, 0 set cartoon_cylindrical_helices, 0 定义fancy 和default模式下的α-helix 命令: set cartoon_oval_length , 0.8 # default is 1.20 set car...
在cartoon automaic 模式下 pymol 中内置了3种cartoon helix模式: 默认default模式 Fancy Helices 模式 两端是尖尖 Cylindrical Helices 模式 圆柱体 开启Fancy 模式 set cartoon_fancy_helices, 1 开启cylindrcal 模式 set cartoon_cylindrical_helices, 1 设置圆柱的粗细: set cartoon_helix_radius,0.9 set cartoon...
set cartoon_gap_cutoff, 100 Q10. 不能正确显示cartoon 等二级结构 分析后发现是残基的链接顺序和编号顺序不一致导致的,解决办法由有2种。 22号和23号在PyMOL默认认为相连号码的残基在空间是相连的。 方法一: 修改pdb文件,调整编号顺序。方法二: 自动识别残基的可能链接顺序,暂时不支持rebuild导出正确的顺序。 se...
//或者输入命令Pymol>set cartoon_color white 在改氢键的线型,在dash gap length width进行调整把虚线改好看点 Stick也可以改细点 13.电子密度 1)首先,登陆搜索你的蛋白 2)download maps 3)选ccp4格式,generate map 4)下载后解压,重命名为*.map.ccp4 5)在pymol里打开,在打开的.map,action/mesh,color/blue...
//或者输入命令Pymol>set cartoon_color white 在改氢键的线型,在dash gap length width进行调整把虚线改好看点 Stick也可以改细点 13.电子密度 1)首先,登陆http://eds.bmc.uu.se/eds/搜索你的蛋白 2)download maps 3)选ccp4格式,generate map 4)下载后解压,重命名为*.map.ccp4 5)在pymol里打开,在打开...
9、pymol>set cartoon_rect_length,0.6→设置β-折叠宽度10、pymol>set stick_radius,0.6→设置球棍模型粗细 11、pymol>set sphere_scale,0.6→设置sphere模型大小 12、点中某个氨基酸→右键→S(show)→stick→设置氨基酸球棍模型 13、点中某个小分子→右键→C(color)→by element→按照元素上色;其中可以先...
1.1 cartoon透明度 # pymol set cartoon_transparency, 0.5, # 50%透明度, 是对象的名字 set cartoon_transparency, 0.5, <sele> # 50%透明度, <sele>是选择的部分 2. 获取坐标信息 centerofmass sele # pymol选中想要知道坐标的原子 3. 球棍模型 (1) 图形界面在 A -> Preset -> ball and stick, ...
set cartoon_transparency, 0.3 # 为免cartoon 样式把关键要素遮挡, # 对卡通设置半透明度。该步骤非必须。 我们还可按下图步骤微调cartoon 样式: 还可移动label 的位置(设置Mouse Mode 为Editing 模式后,按住Ctrl 键,用鼠标左键或 右键拖动label;必要时,可先将cartoo 隐藏起来,等调整好label 后,再显示出来),让...
show cartoon。 ```。 2.可以通过修改氨基酸的颜色来显示不同类型的二级结构。例如,以下命令可以将α螺旋显示为蓝色,β折叠显示为红色: ```。 color blue, ss h。 color red, ss s。 ```。 3.可以通过调整显示的粗细来突出显示二级结构。例如,以下命令可以将α螺旋的线条加粗: ```。 set cartoon_transpar...
set stick_radius=0.10设置sticks的粗细 set sphere_scale,0.28 设置原子大小 如何除去cartoon上的绿色部分? 首先选择这个残基,然后hide main chain ,再调为atom模式,选择backbone上的CA原子,选择color灰色,就可以了。 显示氢键 Wizard - measurement-测量距离就可以了 ...