下面我们要把分子的显示从lines换成cartoon模式。点S按钮,选Cartoon,变成下面的样子。 但是发现两种模式混到一起了,需要把lines模式隐藏掉。按H按钮,选lines。然后要把每个蛋白亚基变成不同的颜色,按C按钮,选by chain,然后选择一种颜色模式。在...
着色：通过color red,object name命令，你可以将指定对象着色为红色，其中object name是你想要着色的对象名称。cartoon模式：PyMOL内置了10种cartoon模式，包括loop等，可用于不同的可视化需求。具体选择哪种模式，可以根据你的研究目的和对象特性来决定。
但是原本receptor中是α螺旋的对接位置，在结果复合物的cartoon模式下却表现是这种结构，求助。
使用pymol展示配体分子与蛋白结合的模式 步骤 1:蛋白导入 此次选用的蛋白为1STP可以直接从PDB官网下载文件,或者直接在命令行框中输入 fetch 1stp 2:查看结构 如下图所示,蛋白一般以cartoon模式展示,而小分子则是以sticks模式展示,周围环绕的红色点状物质为水分子。点击右下方红色框内S字母,在命令行框下方会显示出...
show as 分别点击S->as->cartoon 和S->as->stick, 我们可以观察到AS模式是把原有的渲染模式抹除后再重新渲染,经过上述操作后仅仅显示stick形式 show 点击S->as->cartoon 再点击S->stick; 我们可以观察到SHOW方法,是保留原有的渲染,再添加新的渲染。
• Pymol> as cartoon # 显示cartoon • Pymol> color magentas, hdeb 4、立体效果 PyMOL能够支持的立体图形模式: • Crosseye stereo • Walleye stereo • Hardware stereo • Geowall stereo • Sidebyside stereo • Quadbuffer stereo ...
3.保存图片:png filename.png 制作高清图片,制作完成后,输入ray命令,然后保存图片 4.设置label字体大小,label字体的大小默认是14pt: set label_size,20 5.着色:color red,object name 6.cartoon模式:cartoon loop pymol内置了10种cartoon模式,如下图:
比如把棒状结构的残基设置为绿色,蛋白分子的卡通结构(Cartoon)设置为白色,就可以突出显示氨基酸残基了。 我们还可以进一步给突出显示的氨基酸残基上的不同原子分布不同的颜色。首先选择整个蛋白元素对应的C功能,在 by rep中棒状结构的的颜色选择为unset,然后再在该氨基酸元素对应的C功能中选择 by element 设置一种颜色...
定义fancy 和default模式下的α-helix 命令: set cartoon_oval_length , 0.8 # default is 1.20 set cartoon_oval_width , 0.2 # default is 0.25 示例:着色(color) color red,object name设置透明度(transparency) 所有的命令选择,残基(select) 选择所有的碳原子: select catoms, elem C 选择蛋白:select ...
alias full_view = show cartoon; color red; zoom 在这个例子中，full_view别名将同时执行显示卡通结构、将颜色设置为红色和缩放视图的操作。通过这种方式，用户可以一次性完成多个步骤，减少手动输入的时间。3. alias 与 Python 脚本：扩展 PyMOL 功能 结合 Python 脚本，alias 的功能可以进一步扩展。用户可以将...