PyMOL>load $PyMOL_path/test/dat/pept.pdb,test #对象命名为“test” (“#”是注释标志,在命令行中,#后输入任何信息都不会被PYMOL读取) 上面载入文件的命令是典型的PYMOL语法。load是关键词,它要求PYMOL去执行一定的功能。data-file-name和object-name是要load的参数,这些参数告诉PYMOL载入什么文件和命名文件。
1. 安装PyMOL 首先,登录官网,直接点击DOWNLOAD NOW,下载最新版对应系统的的PyMOL。 https://pymol.org/2/ 然后,点击BUY LICENCE,选择Student/Teacher,填写相应信息,会给我们填写邮箱中发一个下载地址以及账号密码,用于下载教育版 PyMOL 的证书,安装PyMOL后需要导入该证书才能免费使用教育版。 接着,点击下载的PyMO...
双击PDB文件打开PyMOL,会自动切换工作目录到该PDB文件所在目录。 从软件安装处打开PyMOL, 则工作目录为软件安装目录。 1.4 下载蛋白 从PDB网站上下载蛋白,如 4hbk.pdb, 也可以直接通过PyMOL 下载蛋白,点击菜单栏中的 File->Get PDB,如下图图所示, 在PDB ID 对应的框中填入PDB的编号就可以了,不要包含后缀.pd...
我们用pymol打开result.pdb文件,在右下角处Selecting 处点击切换到Chains,然后选中蛋白质,在左上角sele处选择A,然后选择rename selection,然后在左上角的窗口处会弹出一行,在:后面输入名称。我这里是protein。或者通过命令set_name sele,protein实现。 我下面通过命令set_name protein,p又将protein改为p。
先决条件：要学习使用 PyMOL，我们必须从 RCSB PDB 页面下载蛋白质结构，然后将其加载到 PyMOL 中。请按照以下步骤操作。第 1 步 —转到RCSB PDB 页面并在搜索框中键入 6FEY，如下所示。6FEY 是我们感兴趣的蛋白质的 pdb 名称。（Crystal structure of Drosophila neural ectodermal development factor Imp-L2 ...
步骤一:打开 PyMol 软件,导入需要测量的分子结构文件。 步骤二:选择 "Wizard" 菜单,点击 "Measurement" 进入测量模式。 步骤三:在分子结构视图中依次点击需要测量的两个原子。 步骤四:点击 "Done" 完成测量,距离值将显示在图形界面上。 命令行操作 基础命令:使用 dist 命令快速测量两个原子间的距离。
pymol是一款基于python语言的软件,所以在安装前需要先安装python为其创建运行环境。 一、pymol的下载与安装 1.下载与对应python版本的4个whl包,网址: https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/ ①numpy:numpy+mkl安装包: numpy‑1.22.4+mkl‑cp39‑cp39‑win_amd64.whl ...
Pymol> quit 通常情况下需要加变量,当不加任何变量时, Pymol会默认一个变量all。 在Internal GUI中,我们经常要用鼠标对界面中的结构进行操作,所以我们一定要熟悉,All指所有的对象,(sele)是选择的对象按钮 A:代表对这个对象的各种action, S:显示这个对象的某种样式, ...
PyMOL的功能介绍 1、比对功能 基于蛋白序列 • Action -> align • Pymol> align (2xuv and n. CA ), (hdea and n. CA) 基于原子对 • Wizard-> Pair Fiting 2、测量 距离 • Pymol> distance (sele1), (sele2) 角度 • Pymol> angle (sele1), (sele2), (sele3) ...