Pymol不仅是一个强大的工具,更是一个让我们更直观、更深入地了解生命之美的桥梁。准备好你的显微镜,开始你的科学探索之旅吧!🚀 基本操作指南 旋转分子:按住左键拖动,可以绕着中心点旋转分子。 选择残基:左键单击分子,可以选中部分显示氧基酸残基。 放大缩小:右键按住拖动,可以放大或缩小蛋白分子。 更改中心点:...
如果我们知道感兴趣的蛋白质的 PDB ID,可以直接点击 File -> Get PDB… -> 输入PDB ID,然后点击 Download,PyMOL会直接从PDB数据库中下载该蛋白并展示在软件中。 另外我们也可以通过在下面的框中输入代码的方式获取,结果与鼠标点击是一样的。获取某个蛋白的命令是fetch,比如想要下载PDB ID为1P65的蛋白,直接输入...
首先,确保鼠标模式(MouseMode)为Viewing状态,选择(Selecting)模式为Atoms状态(位置在PyMOL右下方)。然后,按照下面步骤操作: 然后,点击PyMOL菜单栏的Wizard -> Measurement,然后根据示意图点击刚才创建的小球,两两一组,便画出虚线(相应地,生成对象measure01~05)。 绘制其他作用力 采用相同的办法,把氢键和疏水作用也画...
2. PyMOL作图 2.1. 设定工作目录,打开文件 打开PyMOL软件,导入刚才下载的复合物PDB文件(rli-D715-2441-1.pdb)。 注意:有两种方法导入文件,一种是鼠标点击菜单栏File -> Open…,另一种是通过命令行。在这里,我们采用命令来操作,因为这样可以同时把工作目录设置好,方便后续保存...
2. PyMOL作图 2.1. 设定工作目录,打开文件 打开PyMOL软件,导入刚才下载的复合物PDB文件(rli-D715-2441-1.pdb)。 注意:有两种方法导入文件,一种是鼠标点击菜单栏File -> Open…,另一种是通过命令行。在这里,我们采用命令来操作,因为这样可以同时把工作目录设置好,方便后续保存文件。
Pymol处理对接结果作图的方法如下：文件准备：导出小分子和蛋白的PDB文件，文件命名建议为“小分子_蛋白.pdb”与“蛋白原配体.pdb”。力分析：上传对接文件至PLIP网站进行力分析，获取必要的相互作用信息。Pymol操作：导入PDB文件至Pymol软件。设置工作目录，并将操作对象设定为配体与关键残基。显示所需信息...
Pymol作图配色方案分享 今天给大家带来以白色为主色的配色方案,大家可以选择喜欢的配色进行作图,靶标蛋白设为白色,配体方案如下: 1.white+marine 2.white+organe 3.white+firebrick 4.white+warmpink 5.white+respberry 6.white+light blue 7.white+deep blue 8.white+salmon...
对pymol里面的不同的二级结构,分别上色,根据RGB的数值 蛋白的二级结构解释:· β-折叠 (beta): 这是另一种常见的蛋白质二级结构,以折叠的形式出现。· loop区域 (loops): 这些区域通常不具有明显的规则结构,是连接不同二级结构域的灵活区域。· α-螺旋 (alpha): 这是一种常见的蛋白质二级结构,具有螺旋状的...
3.6 细致修饰 为方便调整,也为图片规格符合要求(通常,出版社要求全版图片宽度≤2000像素,半版图片宽度≤1000像素,分辨率≥300 dpi),我们将PyMOL界面放大或靠边最大化,并将上半部分的对话框往上拉到最小,让视图最大。然后放大、摆动视图至合适的角度,使尽可能清晰地看到各关键细节。 hide everything,p* show sp...
1 打开pymol,进入指定路径,load脚本和pdb文件 2 对不同的pLDDT数值标上不同的颜色 得分越高,蓝色越深,得分低的为黄色 如有需要,添加gene_editing咨询 1 pymol 应用实例1CDR注释 2 pymol 应用实例2 复合物相互作用位点分析 3 pymol 应用实例3 alphafold2预测结构的pLDDT作图 ...