3.6 细致修饰 为方便调整,也为图片规格符合要求(通常,出版社要求全版图片宽度≤2000像素,半版图片宽度≤1000像素,分辨率≥300 dpi),我们将PyMOL界面放大或靠边最大化,并将上半部分的对话框往上拉到最小,让视图最大。然后放大、摆动视图至合适的角度,使尽可能清晰地看到各关键细节。 hide everything,p* show sp...
如果我们知道感兴趣的蛋白质的 PDB ID,可以直接点击 File -> Get PDB… -> 输入PDB ID,然后点击 Download,PyMOL会直接从PDB数据库中下载该蛋白并展示在软件中。 另外我们也可以通过在下面的框中输入代码的方式获取,结果与鼠标点击是一样的。获取某个蛋白的命令是fetch,比如想要下载PDB ID为1P65的蛋白,直接输入...
Pymol做图,蛋白二级结构调热。Pymol作图 ,蛋白结构与RGB结合,第二期对pymol里面的不同的二级结构,分别上色,根据RGB的数值蛋白的二级结构解释:· α-螺旋 (alpha): 这是一种常见的蛋白质二级结构,具有螺旋状 - Ansl于20240703发布在抖音,已经收获了2个喜欢,来抖
首先,确保鼠标模式(Mouse Mode)为Viewing状态,选择(Selecting)模式为Atoms状态(位置在PyMOL右下方)。然后,按照下面步骤操作: 然后,点击PyMOL菜单栏的Wizard -> Measurement,然后根据示意图点击刚才创建的小球,两两一组,便画出虚线(相应地,生成对象measure01~05)。 绘制其他作用力 采用相同的办法,把氢键和疏水作用也...
Pymol是一个分子三维结构显示软件, 可以用来创作高品质的分子(特别是生物大分子如蛋白质)三维结构图。知识 校园学习 大学 生物 教程 Pymol 经验分享 生物信息 钰沐菡-YuMuhan 发消息 药物研发,CADD,AIDD,全网同名 充电 关注5.6万 分子对接 1/2 创建者:燊Cesium 收藏 Pymol作图入门教程1 14.5万播放 Pymol-...
2. PyMOL作图 2.1. 设定工作目录,打开文件 打开PyMOL软件,导入刚才下载的复合物PDB文件(rli-D715-2441-1.pdb)。 注意:有两种方法导入文件,一种是鼠标点击菜单栏File -> Open…,另一种是通过命令行。在这里,我们采用命令来操作,因为这样可以同时把工作目录设置好,方便后续保存文件。 假设我们的工作目录为D:\...
2. PyMOL作图 2.1. 设定工作目录,打开文件 打开PyMOL软件,导入刚才下载的复合物PDB文件(rli-D715-2441-1.pdb)。 注意:有两种方法导入文件,一种是鼠标点击菜单栏File -> Open…,另一种是通过命令行。在这里,我们采用命令来操作,因为这样可以同时把工作目录设置好,方便后续保存文件。
Pymol(1.8.6)作图技巧之cartoon和surface镶嵌模型 Pymol(1.8.6)作图技巧之创建质心 Pymol | Pymol绘制GridBox图 PyMOL PyMOL软件以Py+MOL命名:“Py”表示它是由一种计算机语言Python所衍生出来的,“MOL”表示它是用于显示分子(英文为molecule)结构的软件。为什么选择Pymol,因为它是强大的分子可视化软件,具有诸多...
在处理对接结果以作图时，首先导出小分子和蛋白的PDB文件，文件命名分别为“小分子_蛋白.pdb”与“蛋白原配体.pdb”。接着，上传对接文件至PLIP网站进行力分析。在Pymol软件中导入PDB文件，并设置工作目录，将操作对象设定为配体与关键残基。显示所需信息，隐藏多余部分。利用鼠标操作绘制相互作用力，包括π...
Pymol(1.8.6)作图技巧之创建质心 简介:Pymol(1.8.6)作图技巧之创建质心 一、首先,访问pymolwikiCenter of Mass,下载center_of_mass.py脚本; 或者把下面文件保存为center_of_mass.py文件。 See more here: http://www.pymolwiki.org/index.php/center_of_massDESCRIPTIONPlaces a pseudoatom at the center ...