我们前面对接的结果文件,result.pdbqt,我们同样用OpenBabel这个软件转换成pdb格式。 我们用pymol打开result.pdb文件,在右下角处Selecting 处点击切换到Chains,然后选中蛋白质,在左上角sele处选择A,然后选择rename selection,然后在左上角的窗口处会弹出一行,在:后面输入名称。我这里是protein。或者通过命令set_name sele...
D:\anacondapython27-64\python.exe -m pip install D:/Pmw-2.0.1-py3-none-any.whl 运行完成的情况: 完成运行以后在python安装的文件夹下即有PyMOL.exe文件。 注: 以此种方式安装出来的为pymol1的界面,菜单栏窗口和显示窗口是分离的,pymol1也可以正常使用。但更多功能是在pymol2中实现,且与官方版本更加...
Serotonin 博士,分享一些科研实用教程27 人赞同了该文章 目录 收起 1.蛋白质的导入 2.蛋白结构比对 3.图像调整 4.图片输出 蛋白质的功能与其三维结构有着密不可分的联系,因此在对蛋白的功能做比较时会涉及到蛋白质三维结构之间的比较。今天分享一个简单的PyMOL做蛋白质结构比对的方法。 在进行本章内容前,...
1.2 内置demo介绍打开PyMOL,点击1.1菜单窗口的Wizard菜单,然后点击Demo->Representations 然后在2.3 对象窗口 和 2.4模式窗口之间会出现各种示例:1.Representations2.Cartoon Ribbons3.Roving Detail4.Roving Density5.Transparency6.Ray Tracing7.Sculpting8.Scripted Animation9.Electrostatics10.CGOs11.Molscript/R3D Input12...
安装教程 1. 双击运行 PyMOL-2.5.7-Windows-x86_64.exe 安装程序 2. 点击 Next 3. 点击 Agree 同意协议 4. 勾选 ALL Users (requires admin privileges),允许为所有用户安装，点击 Next 5. 设置PyMOL的安装目录，推荐使用默认的目录 C:\ProgramData\pymol 即可，点击 Next 6. 默认勾选，点击 Install ...
PYMOL 用户指南 目录 一、 鼠标操作入门 4(这个数字是超链接, ctrl+左键) 1. 启动 4 1) 通过鼠标 4 2) 通过命令行 4 2. PyMOL 窗口 4 1) Virewer 窗口 4 2) 外部 GUI 窗口 5 3. 下载 PDB 文件 5 4. 操控视图 6 1) 基本鼠标控制 6 2) 虚拟滚动球旋转 7 3) 移动截面 7 4) 改变旋转...
安装(教育版) 1、下载pymol,点击Windows EXE installer,下载好后安装 官网地址:PyMOL | http://pymol.org2、点击Buy license,跳转到如下界面,点击Student/Teacher 3、填写信息,邮箱地址填写学校的邮箱 4、…
PyMOL基础教程 安装PyMOL:可以从官方网站下载并安装PyMOL软件。对于Windows用户,建议安装Anaconda Python发行版,因为它包含了PyMOL。 启动PyMOL:安装完成后,启动PyMOL软件,你将看到主窗口,包括两个主要部分:Viewer窗口和外部GUI窗口。 导入分子结构:使用load命令导入分子结构文件,例如load molecule.pdb。 常用操作和命令...
pymol教程PyMOL用户指南 一、鼠标操作入门4(这个数字是超链接,ctrl+左键) 1.启动4 1)通过鼠标4 2)通过命令行4 2.PyMOL窗口4 1)Virewer窗口4 2)外部GUI窗口5 3.下载PDB文件5 4.操控视图6 1)基本鼠标控制6 2)虚拟滚动球旋转7 3)移动截面7 4)改变旋转中心点8 5)简单回顾9 二、命令行操作入门9 1....
PYMOLPyMOL适用于创作高品质的小分子或是生物大分子(特别是蛋白质)的三维结构图像。软件的作者宣称,在所有正式发表的科学文献中的蛋白质结构图像中,有四分之一是使用PyMOL来制作。PyMOL是少数可以用在结构生物学领域的开放源代码视觉化工具。软件以Py+MOL命名:“Py”表示它是由一种计算机语言Python所衍生出来的,...