打开PyMOL软件,设置我们的工作目录。 或者通过命令cd F:\AutoDock来实现,这与window的dos命令行和Linux系统的cd(Change Directory)命令一样。 导入刚才下载的复合物PDB文件(1e8y.pdb)。 注意:有两种方法导入文件,一种是鼠标点击菜单栏File -> Open…,另一种是通过命令行。通过load命令加载:load 1e8y.pdb,因为...
Win10(64位)系统下安装Pymol(1.8.6) Linux(CentOS 7)(64位)系统下安装Pymol(1.8.6) Pymol(1.8.6)作图技巧之cartoon和surface镶嵌模型 Pymol(1.8.6)作图技巧之创建质心 Pymol | Pymol绘制GridBox图 PyMOL PyMOL软件以Py+MOL命名:“Py”表示它是由一种计算机语言... 查看原文 三个或多个蛋白质结构的...
这里我们选择下载“autodock_vina_1_1_2_linux_x86.tgz”; 下载完成后,进入文件目录,输入以下命令进行解压即可: tar xzvf autodock_vina_1_1_2_linux_x86.tgz 同样的,可以将解压后的文件放在任意位置。 MGLTools下载地址: https://ccsb.scripps.edu/mgltools/downloads/ 这里我们“mgltools_Linux-x86_64_...
Linux 平台安装¶ 不推荐使用linux平台进行可视化。linux 安装PyMOL后,使得Python可以调用PyMOL模块执行批量处理 推荐安装anaconda python,然后通过 conda 命令安装就可以了。 MAC 平台安装¶ 源码编译安装 购买安装服务¶ 远程安装
这里我们选择下载“autodock_vina_1_1_2_linux_x86.tgz”; 下载完成后,进入文件目录,输入以下命令进行解压即可: tarxzvfautodock_vina_1_1_2_linux_x86.tgz 同样的,可以将解压后的文件放在任意位置。 MGLTools下载地址: https://ccsb.scripps.edu/mgl...
fontconfig conda-forge/linux-64::fontconfig-2.14.2-h14ed4e7_0 gettext conda-forge/linux-64::gettext-0.21.1-h27087fc_0 glew conda-forge/linux-64::glew-2.1.0-h9c3ff4c_2 glib conda-forge/linux-64::glib-2.76.3-hfc55251_0 glib-tools conda-forge/linux-64::glib-tools-2.76.3-hfc55251_...
Linux系统 若PyMOL安装在/opt/pymol,则插件目录为: /home/yinfotek/pymol/lib/python3.7 若Anaconda安装在/home/yinfotek/anaconda3,则插件目录是: /home/yinfotek/anaconda3/lib/python3.7 如果在安装或使用过程中遇到问题,欢迎在本文评论区或公众号首页留言。
在linux下,该文档的默认保存目录为当前用户的home目录。2. 如果你想下次翻开Pymol时直接回到当前所在的状态,那么你可以选择外部GUI窗口里面的File Save Session,创立一个会话 18、文件.pse。 该会话文件和上面提到的文档文件的区别在于,首先文档文件可以编辑,但会话文件不可以;记录文档文件前必须先运行log_open命令,...
Linux(CentOS 7)(64位)系统下安装Pymol(1.8.6) Pymol(1.8.6)作图技巧之cartoon和surface镶嵌模型 Pymol(1.8.6)作图技巧之创建质心 Pymol | Pymol绘制GridBox图 PyMOL PyMOL软件以Py+MOL命名:“Py”表示它是由一种计算机语言Python所衍生出来的,“MOL”表示它是用于显示分子(英文为molecule)结构的软件。为什...
首先，从官网下载"AutoDock v4.2.6"和"autodock_vina_1_1_2_linux_x86.tgz"，然后在终端解压。接着，下载并安装MGLTools，最后在PyMOL中安装Autodock plugin。以CDK2（1E1X）的晶体结构为例，导入PyMOL，通过插件进行设置，如对接盒子的定义、受体和配体的准备，以及对接参数的配置。执行对接计算...