PyMOL还支持导出结构文件,你可以点击菜单中的“File”->“Export”来导出结构文件。 8.使用脚本 PyMOL支持使用脚本进行批处理操作。你可以将一系列命令写入一个脚本文件并运行它们。例如,你可以创建一个脚本来加载结构文件、设置显示和颜色,并保存视图。要运行脚本,你可以点击菜单中的“Plugin”->“Run Script”。
从PDB网站上下载蛋白,如 4hbk.pdb, 也可以直接通过PyMOL 下载蛋白,点击菜单栏中的 File->Get PDB,如下图图所示, 在PDB ID 对应的框中填入PDB的编号就可以了,不要包含后缀.pdb 。 image.png 点击Download,你会发现PyMOL会自动加载该蛋白,在工作路径 D:\PyMOLstartedManual 下面出现 4hbk.cif 文件,随着PDB...
8.导出图像或动画:一旦您完成了分子结构的可视化,您可以使用Pymol菜单栏中的“File”(文件)>“Export”(导出)选项将图像或动画保存为常见的图像或视频格式。 这是一个简单的Pymol使用教程,它会帮助您开始使用Pymol进行分子建模和可视化。随着您的实践与探索,您将能够更深入地了解Pymol的各种高级功能和功能©...
pymol使用教程 基本的鼠标操作 里主要介绍一下Pymol的基本操作，包括窗口菜单、加载文件、图像的基本鼠标操作等等。当你打开Pymol后，你将会看到如下图所示的界面：该界面分为2窗口，上面的外部GUI窗口（External GUI）和下面的Viewer Window。Viewer Window又分为左右两块，左边用来显示结构图像的（Viewer），右边则是...
点击菜单栏中的“File”,然后选择“Open”或者直接拖拽您的分子结构文件到PyMOL窗口中即可加载。常见的分子结构文件格式包括PDB、XYZ、MOL等。 ### 3.调整视图与颜色 PyMOL提供了丰富的功能来调整分子的视图和颜色。您可以使用鼠标滚轮缩放、移动视图,也可以通过菜单栏中的“Edit”来选择不同的视图模式。同时,您还...
双击PDB文件,打开PyMOL软件,会自动调整工作路径为PDB文件所在路径。 命令pwd; 查看工作路径; 命令cd D:/test; 切换工作路径到D盘下面的test文件夹。在执行命令前,确保D盘下面有test 文件夹。 3.下载蛋白(fetch) fetch 命令可以根据PDB ID编号下载蛋白结构到工作路径,并载入到PyMOL中显示,在PyMOL...
如果使用PyMOL进行比较复杂的项目时,我们可能需要在一个可以读取和编辑的日志文件中记录我们在PyMOL中输入的所有命令,这样在下次进行类似的项目时,可以直接应用而不需要逐一输入命令。 如果要记录命令,可以输入以下命令,语法为: log_open log−file−name ...
首先将受体和配体都导入至PyMOL中，在“Receptors”选项卡中点击“Import from PyMOL”按钮，根据提示设置受体，根据需要勾选“Add Hydrogens”、“Remove All non-standard residues”、“Remove Water”或“Show Heteroatoms”选项，进行加氢、去水、移除非标准残基等预处理；然后点击“Generation receptor”按钮，在...
本教程旨在向初学者介绍PyMOL的基本用法和操作技巧,帮助读者快速上手并熟练使用这一工具。 一、安装和启动PyMOL 首先,您需要下载适用于您的操作系统的PyMOL安装程序。在官方网站上获取安装程序,并按照提示进行安装。安装完成后,您可以通过点击桌面上的PyMOL图标或者输入命令来启动PyMOL。 二、PyMOL界面和基本操作 Py...
打开PyMOL,菜单栏点击“Plugin -> Plugin Manager -> Install New Plugin -> Choose File…”选择下载好的“autodock_plugin.py”文件进行安装即可。 本例中以周期蛋白依赖性激酶2(CDK2)的晶体结构作为分子对接的受体(PDB ID:1E1X),结构中的原配体作为分子对接的配体为例,为大家演示在PyMOL中如何使用AutoDock...