show sticks, (interface and hydrophobes and (!name c+n+o)) 分两步,首先找到相互作用界面,其次选中疏水氨基酸并展示侧链。 1、InterfaceResidues - PyMOLWiki,去这个网址下载脚本,InterfaceResidues.py。 先运行脚本,操作如下 File → Run → InterfaceResidues.py 随后输入命令行,例如下图 interfaceResidue 5...
PyMol创建结构质心 step.1: 在网站https://pymolwiki.org/index.php/Center_of_mass下载质心创建的.py代码,并放在PyMol安装路径下的python的lib文件夹里。 step.2: PyMol命令行中运行以下命令加载包: importcenter_of_mass step.3: 选中需要查找质心坐标和创建质心的结构或原子集合,然后在PyMol命令行中运行以...
PyMOL能够读取PDB,MOL/SDF,Macromodel,ChemPy Model和Tinker XYZ格式的数据文件。这些格式文件的某些数据区允许PyMOL为原子指定属性。根据这些属性,你可以应用属性选择符和标识符对原子进行分组和选择:选择符对应于数据文件的这些数据区,标识符对应于匹配的目标词或目标数字。 在标识符列表中不同的项目仅用“+”连接,...
a.将有关疏水性着色的脚本放至当前的工作路径下(可见PyMOLWiki官网),在命令窗口输入‘run color_h.py’加载脚本,再输入‘color_h 1eve’使对象1eve按疏水程度着色(白(弱)→红(强))b.关于对象1eve,单击S–surface显示表面结构,主菜单栏选择Setting → Transparency → Surface调整表面透明度...
https://pymolwiki.org/index.php/Main_Page 获得更多学习使用的教程、经验等。 作为分子可视化软件,PyMOL提供了强大的三维可视化功能。 它可以多种方式显示分子的三维结构,如常见的球棒模型,表面模型、卡通(Cartoon)模型等。 PyMOL内置了一个强大的脚本语言,研究人员可以通过编写脚本实现对分子内部结构更细致地显示控...
参考 1.https://pymolwiki.org/index.php/Selection_Algebra 2.https://www.compchems.com/pymol-selection-tool/#combining-selection-rules-with-logical-operators 3.https://pymol.org/dokuwiki/doku.php?id=selection
除了“optimize.py”外,PyMOL也有其它的插件或脚本可做能量最小化,如“minimize_ob”、“minimize_rdkit”等,大家可在PyMOLWiki中搜索了解。 5 使用APBS插件 蛋白表面电势图可以直观的展示蛋白质表面的电荷情况,APBS就是一个著名的蛋白电势计算程序,在PyMOL中可使用APBS插件绘制蛋白表面电势图。要对生物大分子结构...
安装完成后,可以参考【PyMOLWiki】和【PyMOL中文教程】获取更多使用技巧。🌟 更新提示: 我们会定期更新内容,欢迎点赞和催更!如果有任何问题或建议,欢迎随时联系我们。0 0 发表评论 发表 作者最近动态 巴卜啦Samer要躺平 2024-12-27 📚牛郎织女二教学反思🌌📖在《牛郎织女(...全文 巴卜啦Samer要躺平 2024...
PyMol选择器(https://pymolwiki.org/index.php/Selection_Algebra)在PyMOL命令行中,准确地选择原子或残基并进行接下来的操作可以极大降低难度。PyMOL 的选择语言允许用户根据标识符和属性选择原子。许多命令(如颜色、显示等)采用原子选择参数来对场景中所有原子对应的子集进行操作。如: ...
如前所说,只有官方付费版才有最新最全的使用文档。PyMOLWiki是一个学习的地方,还有比较老的(2004)用户手册可以在这找到 如果这个打不开的话,pdf版的可以在下面链接找到。 软件分为2.5.0版本和2.4.0版本,都可以的,cp后面的值对应着python版本 在D:\ProgramData\Anaconda3文件中新建了一个pymol文件夹,将下载好...