图 DNA pull-down MS技术鉴定与CCRM1-1结合的转录因子。（a）SDS-PAGE和银染色显示以CCRM1-1为探针的DNA拉下捕获的蛋白质；（b）通过DNA pull-down MS鉴定的与CCRM1-1结合的蛋白质成分；（c）基于PLACE数据库预测鉴定出的TF与CCRM1-1中顺式作用元件结合的基序；（d）基于小麦转录组数据库预测TF编码基因的...
3双荧光素酶实验确定了CLC-3启动子的活性区域 4DNA pull down MS实验找到了CLC-3启动子活性区域的潜在结合蛋白XRCC5 5体内DNA探针检测和ChIP-PCR实验都确定了XRCC5蛋白可以结台CLC-3启动子 6免疫组化实验表明XRCC5和CLC-3的表达呈正相关,且两者高表达指示患者预后不良 7基因表达/敲除和细胞功能实验结果显示CLC-...
DNA pull down-MS 是研究体外 DNA-蛋白质相互作用的有力工具。 生物素标记的 DNA 片段与链霉亲和素磁珠结合，然后与细胞核蛋白一起孵育。 然后对蛋白产物进行纯化和洗脱，通过western-blot检测特异性蛋白是否与靶DNA片段结合； 质谱法用于鉴定可能与 DNA 片段相互作用的蛋白质（例如，特定的转录因子/组蛋白等...
得到目的DNA探针-蛋白质复合物，再经过Western Blot或质谱（MS）鉴定蛋白质类型。以下为参考实验流程，不...
A:DNA pull down-MS是体外研究蛋白-DNA是否有直接互作的经典技术,是将探针结合在凝胶/磁珠上,钓取与DNA探针有互作的蛋白;就技术而言,没有明显的缺陷;后续质谱能鉴定到多少蛋白取决于蛋白-DNA结合的强弱、蛋白的丰度等。 Q7: 做DNA pulldown 用DNA单链好还是双链好?
为了找到FOXD3-AS1的靶蛋白,研究者进行了RNA pull-down(图3C)和质谱(MS)分析鉴定(图3D),鉴定到潜在结合蛋白YBX1,RNA pulldown WB技术实验验证了FOXD3-AS1可以与YBX1结合(图E)。RNA免疫沉淀(RIP)qPCR实验操作再次确认了YBX1是FOXD3-AS1的靶蛋白(图F)。为了探讨FOXD3-AS1和YBX1的表达关系,在体外NPC细胞...
A:DNA pull down-MS是体外研究蛋白-DNA是否有直接互作的经典技术,是将探针结合在凝胶/磁珠上,钓取与DNA探针有互作的蛋白;就技术而言,没有明显的缺陷;后续质谱能鉴定到多少蛋白取决于蛋白-DNA结合的强弱、蛋白的丰度等。 Q7: 做DNA pulldown 用DNA单链好还是双链好?
Pull-down技术与Co-IP非常相似,只不过后者是用抗体交联磁珠或agarose ,pull-down是用固相化的、已标记的饵蛋白或标签蛋白(生物素-、PolyHis-或GST-),从细胞裂解液中钓出与之相互作用的蛋白(对混合液中的所有蛋白)。通过Pull-down技术可以确定已知的蛋白与钓出蛋白或已纯化的相关蛋白间的相互作用关系,从体外转录...
步骤三:洗脱下的蛋白先经胰蛋白酶消化成肽段,肽段在质谱仪中离子化后使用液质联用技术(LC-MS/MS)结合数据库检索可以进行蛋白定性,从而明确与小分子化合物结合的潜在靶标蛋白列表。2.生物正交法将小分子药物进行炔烃修饰,添加至细胞或组织中,甚至是实验动物体内,待药物分子与靶点蛋白充分结合,提取蛋白裂解液,通过...
样品处理—GST/His-诱饵蛋白原核表达载体构建—GST融合蛋白表达—GST融合蛋白纯化—Pull-down捕获猎物蛋白—SDS-PAGE电泳—Western blot或LC-MS/MS 二、DNA Pull-down DNA pull-down是一种新颖的体外研究DNA与蛋白互作的实验技术。该技术以研究的DNA序列为探针,寻找与该序列结合的蛋白质,最常见的应用是寻找某个或者...