近日,南方科技大学生命科学学院副教授靳文菲团队联合复旦大学教授倪挺团队在PNAS在线发表了题为“Comprehensive mapping of alternative polyadenylation site usage and its dynamics at single cell resolution”的科研论文。该研究建立了单细胞多聚腺苷酸测序技术(scPolyA-seq)和相关分析流程。利用该技术分析了polyA位点的使...
PolyA法转录组测序数据分析报告模板
近日,南方科技大学的靳文菲团队和复旦大学的倪挺团队联合在PNAS在线发表了题为Comprehensive mapping of alternative polyadenylation site usage and its dynamics at single cell resolution的科研论文。该研究建立了单细胞多聚腺苷酸测序技术(sc...
全长转录组(Iso-Seq)是指利用三代单分子实时测序技术(SMRT),无需对RNA进行打断和拼接,即可直接获得完整的全长转录本。由于该方法可以获得全长转录本,因此与二代短序列测序技术的RNA-seq对比,侧重于转录本结构的分析,能够准确识别转录本同源异构体(isoform)、可变剪切、可变polyA、融合基因、等位基因等,因此在转录本...
全长转录组(Iso-Seq)是指利用三代单分子实时测序技术(SMRT),无需对RNA进行打断和拼接,即可直接获得完整的全长转录本。由于该方法可以获得全长转录本,因此与二代短序列测序技术的RNA-seq对比,侧重于转录本结构的分析,能够准确识别转录本同源异构体(isoform)、可变剪切、可变polyA、融合基因、等位基因等,因此在转录本...
常用的方法包括TAIL-Seq和PAL-Seq，借助于制备完整的包括polyA尾在内的3’端mRNA测序文库。首先将RNA与生物素化的3’端DNA接头连接，并用RNase T1部分酶切，留下完整的polyA尾，随后使用链霉亲和素磁珠捕获3’端片段。通过凝胶电泳筛选不同条带，并与5’端接头连接，为逆转录、文库扩增和测序提供完整的模板。如图...
话说这个TAIL-seq起初就是为了研究mRNA后面的polyA有多长以及有什么分布特点而建立的,具体原理就是将总RNA在3' 连接上生物所标记的adapter,之后做逆转录等一系列建库流程,随后测序分析polyA信息的技术(图1)。 图1来源:sciencedirect.com/scien 在将TAIL-seq的数据研究一番之后,除了一些正常的结论之外还意外的发现了...
图1:左右分别为pacbio和ONT的测序建库原理 图2:cDNA的PolyA尾巴比对到了基因组上碱基A富集的区域 正文: 由于三代reads错误率高的特性,直接用正则的方法trim PolyA不太可行。 trim_isoseq_polyA trim_isoseq_polyA是我最先使用的软件,它是pacbio ccs流程中的去除PolyA步骤的独立版本。原理是基于已知的pacbio read...
②基于二代或三代测序技术表征polyA,已报道的测序方法包括TAIL-seq、PAL-seq、FLAM-Seq和PAIso-Seq等。基于核酸酶切割的poly A尾长度分析策略使用较为广泛,使用RNase T1将mRNA 3’端polyA切割纯化,然后通过高分辨LC-MS分离鉴别不同长度的polyA序列。 2.1酶切处理 据2018年诺华公司Beverly M等发表的文章:《Poly A...