一般来说,我们做RNA-Seq的假设是基于: 某一个条件影响了表型 --> 假设,表型是由蛋白的变化引起的 --> 假设,蛋白的变化大概率是由对应gene表达量的改变引起的 --> 因此,需要对gene进行定量 --> 最终,进行RNA-Seq 2.1 polyA + 建库策略 也正是因为上述的推理过程,我们才需要去做RNA-Seq对全转录组进行gene...
全长转录组(Iso-Seq)是指利用三代测序技术,无需对 RNA 进行打断和拼接,即可直接获得完整的全长转录本。由于该方法可以获得全长转录本,因此与二代短序列测序技术的 RNA-seq 对比,侧重于转录本结构的分析,能够准确识别转录本同源异构体(isoform)、可变剪切、可变 polyA、融合基因、等位基因等,因此在转录本结构分析...
我们在BBQ-34的时候讨论过RNA-Seq的方法论相关的问题,就是RNA-Seq的基本假设是什么?简单来说就是 细胞/组织/个体 的两种不同状态进行比较,比较的目的就是寻找差异表达gene,然后从差异表达gene来推断造成生理状态不同的原因。 而我们的RNA-Seq一般情况下是针对mRNA以及带polyA的lncRNA进行建库测序分析的。那么理论上...
因为beads上联接了接头,其中有一段是ploy (dT)序列(30)个,在细胞裂解释放的核酸中,只有mRNA带有polyA的尾巴,于是这段beads上面ploy (dT)就可以从众多的裂解产物里捕获到mRNA。这也就是Russell问我为什么Drop-seq要用3'端测序的原因了。 Maxter Mix中带有反转录试剂,当mRNA被捕获后,就可以从它的3‘端开始作为模...
通常大家提到转录组测序,指的是mRNA-seq,在测序文库构建的实验阶段我们有两个选项: 去除rRNA 富集polyA 因为真核生物的mRNA都是有polyA尾巴结构,示意图如下: 但是慢慢的科研热点转到了lncRNA,虽然lncRNA只有部分具有polyA尾结构,但也意味着公共数据库里面海量的mRNA-seq表达矩阵里面,都是可以提取到lncRNA部分,新的分...
RNA-seq数据分析完全指北-03:去除奇怪的RNA 1、GC双峰和重复序列来自哪里? 不同于我们常见的polyA富集方法,号称全转录组测序的rRNA depletion建库对于实验的要求更高,并且在建库过程中引入的我们并不想分析的序列也更多。 一个真正意义上的全转录组,包括哪些内容呢?
紧急救助大虾！！能不能通过cufflinks软件处理RNAseq数据获得的转录本信息得到此转录本polyA位点么？如果...
首先,RNA-seq是目前我们触手可及、应用最广的基因表达量检测技术;其次,相较之于链非特异性测序,链特异性测序对大多数人来说更复杂,更难以理解。关于链特异性测序我之前已经有一个长篇大论谈到了这个问题:一文阐述链特异性测序——stranded? reverse-stranded? un-stranded?,阅读量还不错,反馈也还可以,有兴趣的...
Single-Cell RNA-Seq Technologies and Related Computational Data Analysis 单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术允许在单细胞分辨率下解析基因表达,这极大地改变了转录组学研究。目前已经开发了大量的scRNA-seq protocol,这些protocol各有特点,各有优缺点。由于技术限制和生物因素,scRNA-seq数据比 bulk RNA-seq数据更嘈杂、更...
Methods and Materials Eight human mammary epithelial cell (HMEC) lines with high quality RNA were sequenced by Illumina's mRNA-Seq PolyA selection and NuGEN ENCORE library preparation. The following analyses and comparisons were conducted: 1) the numbers of genes captured by each protocol; 2) ...